当前解析结果
SmilChr02G002318| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002318 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002318 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G002318 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 40804330 - 40804839 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008459 |
|---|---|
| GeneID | 131008459 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008459 |
| 原始查询 | SmilChr02G002318 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01107 (MP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008459 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057791318.1 |
| 2 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.40000 | XP_057791318.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057791318.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057791318.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791318.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:40804351 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C77 |
Chr2:40804359 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C77 |
Chr2:40804380 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C36 |
Chr2:40804394 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr2:40804424 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr2:40804449 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B122,B73,C86 |
Chr2:40804453 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B26,B33,C66 |
Chr2:40804466 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A9,C18,C49 |
Chr2:40804466 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | A9,C18,C49 |
Chr2:40804472 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B26,B33,C66 |
Chr2:40804473 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr2:40804474 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 73 | A14,A15,A18,A19,A20,A22,A3,A7,B101,B106,B109,B112,B114,B115,B122,B135,B15,B19,B20,B21,B25,B34,B36,B38,B39,B40,B53,B55,B56,B62,B65,B66,B68,B74,B75,B77,B82,B84,B88,B94,B96,C1,C10,C11,C15,C24,C31,C34,C35,C40,C41,C42,C44,C45,C47,C51,C52,C54,C56,C57,C6,C62,C63,C67,C69,C76,C80,C81,C87,D1,D11,D2,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791318.1PF01107
MP 6-118 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791318.1 |
Pfam | PF01107 |
MP | Family | 6 | 118 | 5.8e-26 | 92.0 | Viral movement protein (MP) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。