Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002336`

染色体: Chr02 坐标: 41064001-41065238 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002336`
名称	SmilChr02G002336
描述	uncharacterized SmilChr02G002336
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	41064001 - 41065238 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008464`
GeneID	`131008464`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008464`
原始查询	`SmilChr02G002336`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=36.5; qcov=0.578; evalue=2.16e-42; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	PF24964 (DUF7769)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008464

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791323.1`
2	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057791323.1`
3	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057791323.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791323.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791323.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:41064013`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	B104,B107,B136,B2,B40,B8,B89,B95,C13,C14,C72,C86,D5
`Chr2:41064014`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr2:41064031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,C36
`Chr2:41064036`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,C36
`Chr2:41064054`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	60	A10,A18,A19,A6,A9,B102,B105,B107,B11,B115,B118,B119,B120,B126,B128,B129,B133,B139,B29,B37,B38,B39,B40,B46,B53,B55,B59,B65,B70,B71,B79,B81,B87,B9,B97,C12,C13,C17,C28,C30,C31,C37,C39,C41,C43,C47,C51,C52,C6,C60,C64,C66,C67,C77,C79,C81,D1,D10,D4,D9
`Chr2:41064141`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,B73
`Chr2:41064164`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B31,B50,C86
`Chr2:41064192`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	A9,C7
`Chr2:41064192`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	A9,C7
`Chr2:41064244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:41064279`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,B61
`Chr2:41064300`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791323.1

365 aa

182

365

DUF7769

PF24964 DUF7769 7-60 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791323.1`	Pfam	`PF24964`	DUF7769	Domain	7	60	1.4e-08	35.0	Domain of unknown function (DUF7769)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935340.1
ATGTCTAGTAAACGAAATTTATCAAATGAAGAGAGGAACAACATTGGACAGTGGCTCTTACAACACAGCAGAGAAGGAAATCTGATTCATGGAGCAAAAAAGGAGGCGACACAAAAGTTCCTAGTTGATGTCAAGACAATCTGGCGCATTTGGAAATCAGCAGCTGCTCAACAAGCTTTGGGAAGACCTATTAATGTGATTTCAATGAAGAAGGGATCAAAACATGCAGACAAAAAGGTACTTGATGTAGAGAGAATTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008464
ATGTCTAGTAAACGAAATTTATCAAATGAAGAGAGGAACAACATTGGACAGTGGCTCTTACAACACAGCAGAGAAGGAAATCTGATTCATGGAGCAAAAAAGGAGGCGACACAAAAGTTCCTAGTTGATGTCAAGACAATCTGGCGCATTTGGAAATCAGCAGCTGCTCAACAAGCTTTGGGAAGACCTATTAATGTGATTTCAATGAAGAAGGGATCAAAACATGCAGACAAAAAGGTACTTGATGTAGAGAGAATTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791323.1
MSSKRNLSNEERNNIGQWLLQHSREGNLIHGAKKEATQKFLVDVKTIWRIWKSAAAQQALGRPINVISMKKGSKHADKKVLDVERIKTLSVLERSSLIIMSSKIGVSKSLIHLWVKENKLKPHINAIKPFLTPQNMLCRLRWSLCQLNPLSEGGKFRFQTMYNIIHVDEKWFNLTKTSGRYYLLPNEIEPYRTCKSKRHIEKIMFLAAVSRPIFDSNGNCIFDGKIGIFPFITEEPAQINSKNRLKRTIETKPIQAITRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器