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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002337

染色体: Chr02 坐标: 41070197-41071776 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002337
名称SmilChr02G002337
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向41070197 - 41071776 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008465
GeneID131008465
locus_tag-
NCBI NameLOC131008465
原始查询SmilChr02G002337

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
ArabidopsisAT4G38180 (FRS5)
FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974]
identity=33.1; qcov=0.787; evalue=1.97e-58; confidence=low
RiceOs12g0225300
-
identity=29.2; qcov=1.05; evalue=1.59e-57; confidence=low
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF03101 (FAR1); PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008465

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791324.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057791324.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791324.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791324.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791324.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:41070373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C38
Chr2:41070384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B16,B28,C26,C39
Chr2:41070677 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr2:41070746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C3
Chr2:41070881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,B68
Chr2:41071087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B113,B118
Chr2:41071114 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B132,C3
Chr2:41071114 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C3
Chr2:41071211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr2:41071490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C3
Chr2:41071690 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 5 B15,B16,B28,C26,C39
Chr2:41071690 A AT 1bp_insertion CDS_variant 5 B15,B16,B28,C26,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791324.1
437 aa
N
1
218
437
FAR1
ZSWIM1-3_RNaseH-like
MULE
C
PF03101 FAR1 17-92 aa PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 139-250 aa PF10551 MULE 169-261 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791324.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 17 92 6.1e-11 43.6 FAR1 DNA-binding domain
XP_057791324.1 Pfam PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like Domain 139 250 1.2e-06 29.2 Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
XP_057791324.1 Pfam PF10551 MULE Domain 169 261 2.4e-26 92.7 MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935341.1
ATGAAGCCCTACGTAGGTCAAGTGTTCAAGTCTCTTAAAGATGCATTTCAGTTTTATAAAAATTACGGAAGGTCGTCTGGATTCGATGCTCGTAAAGGCGCTCTTAAGAGAGGGAAATATGGGCAGATTATATATCAATATTTTTTCTGCATCAGAGAAGGCATTAATCCTGCTACGCATGATCAGTCATCCGAAACACAGTCGAAGAAAAAAAAGAGACGTCGAAAGCCATCTACTAGGAACGGCTGCAAAGCACGTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008465
ATGAAGCCCTACGTAGGTCAAGTGTTCAAGTCTCTTAAAGATGCATTTCAGTTTTATAAAAATTACGGAAGGTCGTCTGGATTCGATGCTCGTAAAGGCGCTCTTAAGAGAGGGAAATATGGGCAGATTATATATCAATATTTTTTCTGCATCAGAGAAGGCATTAATCCTGCTACGCATGATCAGTCATCCGAAACACAGTCGAAGAAAAAAAAGAGACGTCGAAAGCCATCTACTAGGAACGGCTGCAAAGCACGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791324.1
MKPYVGQVFKSLKDAFQFYKNYGRSSGFDARKGALKRGKYGQIIYQYFFCIREGINPATHDQSSETQSKKKKRRRKPSTRNGCKARVTVSRGYEDVGCTSDDFRNLSYQMNCYPDGSDAQLLLDRFITKRDLDDRFKCEYLLDECQKVKSIFWSDATGVENFSIFGDAVSFDATYSTNRYNMIFAPFTGKDNHGGCVTFAAGLLSREDVSSYSWILKQFVDCMGHTPTMLITDQDPALKIAVENVMPNTRHRFCMWHIMM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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