当前解析结果
SmilChr02G002341| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002341 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002341 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G002341 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 41133442 - 41134837 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008467 |
|---|---|
| GeneID | 131008467 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008467 |
| 原始查询 | SmilChr02G002341 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G35695 (AT5G35695)nuclease HARBI1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833543] identity=58.2; qcov=0.451; evalue=2.19e-67; confidence=medium |
| Rice | Os08g0106900- identity=43; qcov=0.754; evalue=5.97e-81; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008467 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057791326.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.80000 | XP_057791326.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.60000 | XP_057791326.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791326.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057791326.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:41133517 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B63,B91,C33 |
Chr2:41133550 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B9,C48 |
Chr2:41133580 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B138,B140,B17 |
Chr2:41133580 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B138,B140,B17 |
Chr2:41133588 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,C4 |
Chr2:41133611 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,C71 |
Chr2:41133619 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B40,B5 |
Chr2:41133641 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B114,B2,B72,C23 |
Chr2:41133651 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,C62 |
Chr2:41133661 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A8,B109,C25,C47,D2 |
Chr2:41133662 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 29 | A21,A24,B109,B110,B124,B132,B139,B18,B19,B27,B51,B55,B64,B68,B69,B71,B81,B84,B94,C12,C14,C17,C3,C37,C41,C42,C57,C62,C87 |
Chr2:41133681 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C20 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791326.1PF26138
DUF8040 71-161 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 191-337 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 197-358 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791326.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 71 | 161 | 2.7e-22 | 79.2 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057791326.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 191 | 337 | 3.3e-09 | 37.5 | Transposase DDE domain |
XP_057791326.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 197 | 358 | 4.8e-23 | 82.2 | DDE superfamily endonuclease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。