Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002353`

染色体: Chr02 坐标: 41314921-41316960 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002353`
名称	SmilChr02G002353
描述	uncharacterized SmilChr02G002353
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	41314921 - 41316960 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013467`
GeneID	`131013467`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013467`
原始查询	`SmilChr02G002353`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OJ1705_C03.129; symbol=OJ1705_C03.129; hit=Os08g0377500; species=rice; confidence=high
产物	OJ1705_C03.129; symbol=OJ1705_C03.129; hit=Os08g0377500; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G46060` (AT5G46060) spastin, putative (Protein of unknown function, DUF599) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834647] identity=57.3; qcov=0.914; evalue=5.07e-79; confidence=high
Rice	`Os08g0377500` (OJ1705_C03.129) - identity=51.3; qcov=0.996; evalue=3.3e-88; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04654 (DUF599)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013467

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057797540.1`
2	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057797540.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057797540.1`
4	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057797540.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797540.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:41315124`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B77,C17,D2,D3
`Chr2:41315160`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr2:41315274`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B101,B5,B81
`Chr2:41315276`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr2:41315484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B2,C86
`Chr2:41316650`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B41
`Chr2:41316650`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B41
`Chr2:41316699`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B3,B31,B58,C24,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797540.1

233 aa

116

233

DUF599

PF04654 DUF599 11-210 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797540.1`	Pfam	`PF04654`	DUF599	Family	11	210	1.8e-61	207.9	Protein of unknown function, DUF599

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941557.1
TTATGTCTACAGACACCACAAATTGCATAAGCAAATCCAACGATATTTCTTGTCATTGTAGTACACTCAACCCCAAATCACCAACAAAATCAATAATGCAACTTAATCAATTCCTTCTAAGCAAGTCCCAATTTCAATATTAAAAGCTACTAAATTCTTAGTTATTTGACGAATAAATTCCAAAGAGTAGAGATCGATGAAGTATCGAAAGGAATATTTAGATCTGATTTTGGTGCCATCTGGTTTGCTAATTATGTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013467
ATGAAGTATCGAAAGGAATATTTAGATCTGATTTTGGTGCCATCTGGTTTGCTAATTATGTTTTCTTATCATCTTCTTCTTCTCTATAGATGCCTCAAGCTCCCTCACACCACCGTCATCGGCTTCGAGAACAACGATAAGAAAATTTGGGTCGAAAAATTTATGCAGTCGGAAAACCGCGACGTGAAAACCGCGCTGGACGTGGTGTCGGCGAACATATCGGCGGCCACGTTCCTGGCATCGGTGTCGCTGACGCTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797540.1
MKYRKEYLDLILVPSGLLIMFSYHLLLLYRCLKLPHTTVIGFENNDKKIWVEKFMQSENRDVKTALDVVSANISAATFLASVSLTLSALIGAWIANNSNIFQSELIYGDTRPATMSIKYITLLICFLLAFSCFVQSSRCFIHANYLISTPDSDIATEYVELAVVRGGDFWSVGLRALYFATALLLWFFGPIPMFATSVTMVALLHYMDSDTASMKRRSGRRYGELLRRFDQRV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器