Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002372`

染色体: Chr02 坐标: 41546127-41552236 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002372`
名称	SmilChr02G002372
描述	sodium/calcium exchanger NCL2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	41546127 - 41552236 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013484`
GeneID	`131013484`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013484`
原始查询	`SmilChr02G002372`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sodium/calcium exchanger NCL2-like
产物	sodium/calcium exchanger NCL2-like
Arabidopsis	`AT1G53210` (AT1G53210) sodium/calcium exchanger family protein / calcium-binding EF hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841755] identity=32.3; qcov=1.03; evalue=1.21e-95; confidence=low
Rice	`Os01g0212400` (OsEFCAX1) sodium/calcium exchanger NCL1-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4325568] identity=35.5; qcov=0.947; evalue=3.48e-99; confidence=medium
GO	GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0006874 (intracellular calcium ion homeostasis); GO:0015369 (calcium:proton antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0070588 (calcium ion transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF01699 (Na_Ca_ex); PF13499 (EF-hand_7)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013484

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057797561.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057797560.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057797559.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057797561.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797560.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:41546295`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B124,B22,C25,C79
`Chr2:41549736`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B63,B81,B83
`Chr2:41550637`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,C1
`Chr2:41551275`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr2:41551354`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr2:41551632`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B111,B114,B134
`Chr2:41551749`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B111,B114,B134
`Chr2:41551826`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797559.1

574 aa

287

574

EF-hand_7

PF13499 EF-hand_7 275-342 aa

XP_057797560.1

546 aa

273

546

EF-hand_7

Na_Ca_ex

PF13499 EF-hand_7 276-343 aa PF01699 Na_Ca_ex 397-540 aa

XP_057797561.1

545 aa

272

545

EF-hand_7

Na_Ca_ex

PF13499 EF-hand_7 275-342 aa PF01699 Na_Ca_ex 396-539 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797559.1`	Pfam	`PF13499`	EF-hand_7	Domain	275	342	6.3e-09	36.8	EF-hand domain pair
`XP_057797560.1`	Pfam	`PF13499`	EF-hand_7	Domain	276	343	5.9e-09	36.9	EF-hand domain pair
`XP_057797560.1`	Pfam	`PF01699`	Na_Ca_ex	Family	397	540	9.8e-08	32.8	Sodium/calcium exchanger protein
`XP_057797561.1`	Pfam	`PF13499`	EF-hand_7	Domain	275	342	5.9e-09	36.9	EF-hand domain pair
`XP_057797561.1`	Pfam	`PF01699`	Na_Ca_ex	Family	396	539	9.2e-08	32.9	Sodium/calcium exchanger protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941578.1
TTAATGAAATAAAAATATGAAACGCAACATAATAAAAAAATCAAAGTAATAAGCATCTCATGTATCGCATATAAAAACCCCTACATGCAGCTTTAGGCCATTGTATACAAACTCCTACTTGAAATCCATTTCCGATTTCTCCCTCAAACAATGAAGCGATTCGTGGTCGTTTCGTCGCTACTCCTTCTGGCGAGCCACCTAGCCTACAGCCGTTCGATCGCAGATGAAGGGAAGTCGGTTTCCGACGGCAGCTTTCTGCA...

XM_057941576.1
ACATGCAGCTTTAGGCCATTGTATACAAACTCCTACTTGAAATCCATTTCCGATTTCTCCCTCAAACAATGAAGCGATTCGTGGTCGTTTCGTCGCTACTCCTTCTGGCGAGCCACCTAGCCTACAGCCGTTCGATCGCAGATGAAGGGAAGTCGGTTTCCGACGGCAGCTTTCTGCAGTGGCCGCTTTCAGCGACGACGGTGACGTGCGAGCCGGTGTACGGGTTCCTGCCGTGCACCTCCAACGGTTGGGGGCTGCTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131013484
ATGAAGCGATTCGTGGTCGTTTCGTCGCTACTCCTTCTGGCGAGCCACCTAGCCTACAGCCGTTCGATCGCAGATGAAGGGAAGTCGGTTTCCGACGGCAGCTTTCTGCAGTGGCCGCTTTCAGCGACGACGGTGACGTGCGAGCCGGTGTACGGGTTCCTGCCGTGCACCTCCAACGGTTGGGGGCTGCTGTTTATGATCGTGGTGTACAATATTCTGCTGTCTATCGGGGGGCAGTATGTGGGCGCCGCCTCTGATCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057797559.1
MKRFVVVSSLLLLASHLAYSRSIADEGKSVSDGSFLQWPLSATTVTCEPVYGFLPCTSNGWGLLFMIVVYNILLSIGGQYVGAASDLWLQIIGPGVVGGSVFQFLGTIPQLVMMLLPILTGSTEEAQLRATSGMGMVFGGVAILLTLIWGLTVVLGSYDPSEDDETDTSEAHKAATANGSSIVTDVETGWTARLVLVASVPYLILELQNAVTSSSGKRVLILIALIVTVALLCGYVLYQSFQPWIQSRCFEFMVDKYAKD...

XP_057797560.1
MKRFVVVSSLLLLASHLAYSRSIADEGKSVSDGSFLQWPLSATTVTCEPVYGFLPCTSNGWGLLFMIVVYNILLSIGGQYVGAASDLWLQIIGPGVVGGSVFQFLGTIPQLVMMLLPILTGSTEEAQLRATSGMGMVFGGVAILLTLIWGLTVVLGSYDPSEDDETDTSEAHKAATANAGSSIVTDVETGWTARLVLVASVPYLILELQNAVTSSSGKRVLILIALIVTVALLCGYVLYQSFQPWIQSRCFEFMVDKYAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器