当前解析结果
SmilChr02G002385| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002385 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002385 |
| 描述 | major pollen allergen Pla l 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 41790946 - 41791797 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013496 |
|---|---|
| GeneID | 131013496 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013496 |
| 原始查询 | SmilChr02G002385 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | major pollen allergen Pla l 1-like |
| 产物 | major pollen allergen Pla l 1-like |
| Arabidopsis | AT1G29140 (AT1G29140)Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839788] identity=37.6; qcov=0.831; evalue=1.37e-33; confidence=medium |
| Rice | Os04g0398700 (PS1)- identity=37.4; qcov=0.851; evalue=4.21e-29; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01190 (Pollen_Ole_e_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013496 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057797586.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057797586.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057797586.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797586.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797586.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:41791658 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:41791679 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 20 | A11,A14,A19,A23,A7,B110,B130,B29,B41,B47,B54,B66,C20,C43,C50,C52,C54,C71,C79,C81 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797586.1PF01190
Pollen_Ole_e_1 54-186 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797586.1 |
Pfam | PF01190 |
Pollen_Ole_e_1 | Domain | 54 | 186 | 3.6e-37 | 128.2 | Pollen protein Ole e 1 like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。