Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002390`

染色体: Chr02 坐标: 41820147-41821513 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002390`
名称	SmilChr02G002390
描述	senescence-specific cysteine protease SAG39-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	41820147 - 41821513 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013501`
GeneID	`131013501`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013501`
原始查询	`SmilChr02G002390`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	senescence-specific cysteine protease SAG39-like
产物	senescence-specific cysteine protease SAG39-like
Arabidopsis	`AT5G45890` (SAG12) senescence-associated 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834629] identity=57.1; qcov=0.991; evalue=1.46e-142; confidence=high
Rice	`Os04g0206300` (SAG39) - identity=60.5; qcov=0.988; evalue=2.76e-146; confidence=high
GO	GO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0005615 (GO:0005615); GO:0005764 (lysosome); GO:0051603 (GO:0051603)
KEGG	-
Pfam	PF00112 (Peptidase_C1); PF08246 (Inhibitor_I29)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013501

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057797594.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057797594.1`
3	Lysosome	溶酶体	0.20000	`XP_057797594.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797594.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797594.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:41820381`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr2:41820493`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,B38
`Chr2:41820761`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B66,C50,C54,C55
`Chr2:41820802`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr2:41820892`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	17	A11,A19,B110,B29,B41,B47,B54,B64,B66,C40,C50,C52,C54,C55,C71,C79,C81
`Chr2:41821063`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr2:41821150`	`G`	`GGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	9	A13,A3,A8,B4,B99,C15,C16,C49,D7
`Chr2:41821152`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	9	A13,A3,A8,B4,B99,C15,C16,C49,D7
`Chr2:41821262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr2:41821305`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B77
`Chr2:41821305`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B77
`Chr2:41821309`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797594.1

343 aa

172

343

Inhibitor_I29

Peptidase_C1

PF08246 Inhibitor_I29 38-95 aa PF00112 Peptidase_C1 127-342 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797594.1`	Pfam	`PF08246`	Inhibitor_I29	Domain	38	95	1.1e-16	61.6	Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29)
`XP_057797594.1`	Pfam	`PF00112`	Peptidase_C1	Domain	127	342	4.3e-85	286.0	Papain family cysteine protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941611.1
TATATAGCTTACACATCTCATCATTACAACAACAATATATATATGGCTTCGATAACTACTTGGAAGCTGCTTCTGGCTGCAATGGCAGTGCTAGGCTTCTGGGCTTCTCTAGCCGCAGCAAGAACAGCACCTGATGCATCGATGATCGAGAGGCATGAGAAATGGATGGTGGAGAACGGCCGTGTTTACAAAGATGATGCTGCGAAGGCCATGAGATTCAACATTTTCAAGGAGAATGTGGATTATATCGAGTCGTTTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013501
ATGGCTTCGATAACTACTTGGAAGCTGCTTCTGGCTGCAATGGCAGTGCTAGGCTTCTGGGCTTCTCTAGCCGCAGCAAGAACAGCACCTGATGCATCGATGATCGAGAGGCATGAGAAATGGATGGTGGAGAACGGCCGTGTTTACAAAGATGATGCTGCGAAGGCCATGAGATTCAACATTTTCAAGGAGAATGTGGATTATATCGAGTCGTTTAATGAAGCTGCTGCTCGCCCTTACAAGCTCGCTGTCAACAAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797594.1
MASITTWKLLLAAMAVLGFWASLAAARTAPDASMIERHEKWMVENGRVYKDDAAKAMRFNIFKENVDYIESFNEAAARPYKLAVNKFADLRNDEFKASRNGYRMGSLPKSSSSKVSSFRYENVSAAPASIDWRKKGAVTAVKDQGQCGCCWAFSAVAATEGINQLTTGKLVSLSEQQLVDCDTTQDQGCNGGLMDDAFQYIISNKGLTTESNYPYQGVDGTCNSKKESSDAAKITGYEDVPANSESALLKAVVNQPVSVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器