当前解析结果
SmilChr02G002398| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002398 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002398 |
| 描述 | uncharacterized protein YNL011C |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 41870038 - 41876295 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013507 |
|---|---|
| GeneID | 131013507 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013507 |
| 原始查询 | SmilChr02G002398 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | P0410E01.34-1; symbol=P0410E01.34-1; hit=Os01g0613900; species=rice; confidence=high |
| 产物 | P0410E01.34-1; symbol=P0410E01.34-1; hit=Os01g0613900; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G34090 (MEE18)maternal effect embryo arrest 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817970] identity=72.4; qcov=0.918; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0613900 (P0410E01.34-1)- identity=77.4; qcov=0.831; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0043743 (LPPG:FO 2-phospho-L-lactate transferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01933 (CofD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013507 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057797599.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.60000 | XP_057797599.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797599.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797599.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797599.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:41873434 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr2:41875152 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,B101,C53 |
Chr2:41875840 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797599.1PF01933
CofD 75-438 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797599.1 |
Pfam | PF01933 |
CofD | Family | 75 | 438 | 1.3e-38 | 133.6 | 2-phospho-L-lactate transferase CofD |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。