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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002398

染色体: Chr02 坐标: 41870038-41876295 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002398
名称SmilChr02G002398
描述uncharacterized protein YNL011C
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向41870038 - 41876295 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013507
GeneID131013507
locus_tag-
NCBI NameLOC131013507
原始查询SmilChr02G002398

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述P0410E01.34-1; symbol=P0410E01.34-1; hit=Os01g0613900; species=rice; confidence=high
产物P0410E01.34-1; symbol=P0410E01.34-1; hit=Os01g0613900; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT2G34090 (MEE18)
maternal effect embryo arrest 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817970]
identity=72.4; qcov=0.918; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0613900 (P0410E01.34-1)
-
identity=77.4; qcov=0.831; evalue=0; confidence=high
GOGO:0043743 (LPPG:FO 2-phospho-L-lactate transferase activity)
KEGG-
PfamPF01933 (CofD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013507

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057797599.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057797599.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797599.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797599.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797599.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:41873434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:41875152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B101,C53
Chr2:41875840 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797599.1
474 aa
N
1
237
474
CofD
C
PF01933 CofD 75-438 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797599.1 Pfam PF01933 CofD Family 75 438 1.3e-38 133.6 2-phospho-L-lactate transferase CofD

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941616.1
AAGACAAAGGTTGAAAAGAAAAAGATAAAATTGGAAATGAGGAAGAAGAGAAAAAGAAAGGAAAATAGGAGATTCTGATTTTCAGGTGGAGAGCCTTGAACAATAGTGATTATGGCGGATACTTGTTTGGGACCCCCGTTTTGCATGCCCCCTCATTTCCTTTTAAATACCCCAAATCAAATTCCATTTCCTTTCTTACTCTCTCATCACCGTTCTACGCCATTTTCCAGAAACCTCTCTCTCATGGCTCCATGTAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013507
ATGGCGGATACTTGTTTGGGACCCCCGTTTTGCATGCCCCCTCATTTCCTTTTAAATACCCCAAATCAAATTCCATTTCCTTTCTTACTCTCTCATCACCGTTCTACGCCATTTTCCAGAAACCTCTCTCTCATGGCTCCATGTAGAAATACCACCCATAACTCTCACTGCTCTTCTGCTTCCACCTCTGCAAATAGCGTCTCCGCTCAGCCCTCTTTGCTTGTTTTTTCGGGTGGAACTGCCTTCAATGGTGTTGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797599.1
MADTCLGPPFCMPPHFLLNTPNQIPFPFLLSHHRSTPFSRNLSLMAPCRNTTHNSHCSSASTSANSVSAQPSLLVFSGGTAFNGVVEELKKLTVRVAHVLPVSDDGGSTAEIVRVLGGPAVGDIRSRCLRLSDPSTSEALAVRTLLGHRLPLEAQKAKFEWYDIVEGNHSLWTGVSKPYRETIRAFLVFFQDQILRRPDEVFCFSNGSIGNFFFAGARIFFQSLDAAIFLFSRVSQIPTESLVLPVISTNDRLTLGCELW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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