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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002405

染色体: Chr02 坐标: 41968044-41971926 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002405
名称SmilChr02G002405
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向41968044 - 41971926 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013514
GeneID131013514
locus_tag-
NCBI NameLOC131013514
原始查询SmilChr02G002405

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.9; qcov=1.08; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013514

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797605.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797605.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797605.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797605.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797605.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:41968198 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 5 A9,B114,B69,B70,B85
Chr2:41968198 CAG C 2bp_deletion CDS_variant 5 A9,B114,B69,B70,B85
Chr2:41968206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B114,B69,B70,B85
Chr2:41968271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B107,B48,B73,B89
Chr2:41968280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B13,B95,C14,C74
Chr2:41968307 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:41968337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B33,B68,C30
Chr2:41968353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr2:41968354 GTA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C87
Chr2:41968354 GTA G 2bp_deletion CDS_variant 1 C87
Chr2:41968476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr2:41968500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797605.1
1135 aa
N
1
568
1135
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-72 aa PF00560 LRR_1 126-147 aa PF00560 LRR_1 150-172 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF13855 LRR_8 271-330 aa PF00560 LRR_1 295-316 aa PF00560 LRR_1 319-341 aa PF00560 LRR_1 418-439 aa PF13855 LRR_8 418-476 aa PF00560 LRR_1 441-463 aa PF13855 LRR_8 544-603 aa PF00560 LRR_1 568-590 aa PF00560 LRR_1 592-612 aa PF00560 LRR_1 616-638 aa PF00560 LRR_1 641-662 aa PF00560 LRR_1 688-708 aa PF00560 LRR_1 712-731 aa PF00069 Pkinase 852-1121 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 855-1121 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797605.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 72 1.2e-09 39.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 126 147 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 172 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 271 330 7.8e-56 186.4 Leucine rich repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 295 316 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 319 341 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 418 439 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 418 476 7.8e-56 186.4 Leucine rich repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 441 463 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 544 603 7.8e-56 186.4 Leucine rich repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 568 590 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 592 612 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 616 638 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 641 662 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 688 708 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 712 731 2.3e-58 182.1 Leucine Rich Repeat
XP_057797605.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 852 1121 6e-43 147.8 Protein kinase domain
XP_057797605.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 855 1121 1.5e-40 139.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941622.1
AATGTTACACAGAGCAAGGCTCAACGACTATATATTTGATTTGTACTAGAACTAATAGTAACACAAATCACATTTGCAGCCATGGAGAAAAGTTTCTATTACGTTTTACCATTTCTAGCTATAATCCTCATCCTAACTTCCCAAAAGTGTTGCACAGCCCAACCATTCACCAACCTCGACACAGATCAATCTTCCCTTCTCGAAATGAAAGCTCACATCATTTCAGACCCTTCACTCACAATCACAACAAATTGGAGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013514
ATGGAGAAAAGTTTCTATTACGTTTTACCATTTCTAGCTATAATCCTCATCCTAACTTCCCAAAAGTGTTGCACAGCCCAACCATTCACCAACCTCGACACAGATCAATCTTCCCTTCTCGAAATGAAAGCTCACATCATTTCAGACCCTTCACTCACAATCACAACAAATTGGAGCAATTCGAGCTCCGTTTGTAGTTGGATTGGTGTCACGTGTGGCAGTCGCCACCGTAGAGTCACCGCACTAAATCTTTCCGACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797605.1
MEKSFYYVLPFLAIILILTSQKCCTAQPFTNLDTDQSSLLEMKAHIISDPSLTITTNWSNSSSVCSWIGVTCGSRHRRVTALNLSDMGLLGSIPPQLGNLTFLVSLELTRNNFSGTLPQEMSRLRRLKFLSIRENNFRGEIPSWLPFLPKLEYLSLRSNSFSGFIPKSISNLTNLYHLDFSFNSLEGIIPPEIGRLQRLQLLAIQSNNLTGIIPSAIFNMSSLQRLAFRANGLSGNLPNDLCANLPFIQGIYLAINQLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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