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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002419

染色体: Chr02 坐标: 42176151-42180320 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002419
名称SmilChr02G002419
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向42176151 - 42180320 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013522
GeneID131013522
locus_tag-
NCBI NameLOC131013522
原始查询SmilChr02G002419

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=39.3; qcov=0.794; evalue=0; confidence=medium
RiceOs11g0694600
-
identity=38; qcov=0.976; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013522

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797616.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797616.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797616.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797616.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797616.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:42176547 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B130,B54,C79
Chr2:42176768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B29,B66,C52,C54
Chr2:42176871 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B32,D3
Chr2:42176871 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 B32,D3
Chr2:42176875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,D3
Chr2:42176987 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:42177131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,C1
Chr2:42177164 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A7,B110,B130,B54,C79,C81
Chr2:42177564 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:42177805 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B37,B98
Chr2:42177810 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:42177852 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797616.1
1173 aa
N
1
586
1173
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 29-69 aa PF13855 LRR_8 121-181 aa PF00560 LRR_1 146-168 aa PF00560 LRR_1 170-192 aa PF00560 LRR_1 267-289 aa PF00560 LRR_1 340-362 aa PF00560 LRR_1 365-384 aa PF00560 LRR_1 439-460 aa PF13855 LRR_8 439-497 aa PF00560 LRR_1 462-484 aa PF00560 LRR_1 518-540 aa PF00560 LRR_1 591-612 aa PF00560 LRR_1 617-636 aa PF00560 LRR_1 663-685 aa PF00560 LRR_1 736-757 aa PF00069 Pkinase 878-1149 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 881-1093 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797616.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 69 2.2e-09 38.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797616.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 121 181 3.2e-42 142.8 Leucine rich repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 146 168 1e-51 162.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 170 192 1e-51 162.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 267 289 1e-51 162.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 340 362 1e-51 162.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 365 384 1e-51 162.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 439 460 1e-51 162.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797616.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 439 497 3.2e-42 142.8 Leucine rich repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 462 484 1e-51 162.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 518 540 1e-51 162.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 591 612 1e-51 162.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 617 636 1e-51 162.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 663 685 1e-51 162.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 736 757 1e-51 162.4 Leucine Rich Repeat
XP_057797616.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 878 1149 1.6e-40 139.9 Protein kinase domain
XP_057797616.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 881 1093 2.1e-39 136.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941633.1
CCTACACAGACAACTTTTATTGTTGTTTTCTATCTTTTTCTAAGAGTACTTGACAAAGAGCCTACTCAAAGTCAAAAAAAATACATCAAAACTGGCTCATAAAAGATTATTGCATTCATACTAGAAACAATTTGCAGCCATATATGGAGAAAATCTATTAGTAGTTGCAACTATTAGGGAGTAGAATAATCACTCACACCCTCCAGTTTGAAGCCATGAAGAAATACTATTATTGCATTTTTGCATATGCAGTTCTTACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013522
ATGAAGAAATACTATTATTGCATTTTTGCATATGCAGTTCTTACCATAACCTTTCAAATGCATCCTTGTTTATCTACGAGTCTTTCGACTGATCAAAGTGTGCTTCTTTCACTCAAACAACATATTACCTCCGACCCTTCTCGTATACTCGAAACAAATTGGAGCAATTCAAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGTGTCACCTGCAGCTTGCGCCACCAAAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCTTACATGAGTCCCTCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797616.1
MKKYYYCIFAYAVLTITFQMHPCLSTSLSTDQSVLLSLKQHITSDPSRILETNWSNSSSVCSWIGVTCSLRHQRVAALNLSYMSPSGTIPPQLGNLSFLVSLDLTSCLFSGALPHQLSLLRRLKFISLRLNNFTGDIPPLFGQLPKLEYLNLRNNSFTGYIPKSLSNLTNLQFLDLSSNSLSGEIPQELGRLQSLQNLWIESNHLSGAIPSAIFNISSLMKIGLTYNELSGSLPTDMCSNLPFLAWILLSFNQLSGSIPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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