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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002429

染色体: Chr02 坐标: 42310301-42311440 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002429
名称SmilChr02G002429
描述uncharacterized SmilChr02G002429
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向42310301 - 42311440 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013528
GeneID131013528
locus_tag-
NCBI NameLOC131013528
原始查询SmilChr02G002429

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor bHLH35-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839801]; symbol=AT1G29270; hit=AT1G29270; species=arabidopsis; confidence=medium
产物transcription factor bHLH35-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839801]; symbol=AT1G29270; hit=AT1G29270; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G29270 (AT1G29270)
transcription factor bHLH35-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839801]
identity=44.8; qcov=0.862; evalue=2.44e-23; confidence=medium
RiceOs07g0676600 (OsbHLH163)
-
identity=35.4; qcov=1.01; evalue=2.19e-20; confidence=low
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF22754 (bHLH-TF_ACT-like_plant)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013528

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797629.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057797629.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797629.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797629.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797629.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:42310355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B76
Chr2:42311090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797629.1
145 aa
N
1
72
145
bHLH-TF_ACT-like_plant
C
PF22754 bHLH-TF_ACT-like_plant 64-137 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797629.1 Pfam PF22754 bHLH-TF_ACT-like_plant Domain 64 137 1.3e-15 58.0 Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941646.1
TTCACACAAAAGAGAAAGAGAGAGAGAAGATGGCTGCAGCTAAAACGCAGAGGAGAATGGCTTTGCGCAGAAAGCTTCACATCTTGAGAACTCTAACCAAATCAAAATCTGTGAAAAGGAGTTCCATTATCATGGATGCTTTTCTCTACATCTACAAGTTGAAACTGCAAGTTGAGGCCATAAAAAAAGAGTATCAATACCTTATCAACCATATCCAACAAGTGAAGGTGGAGAAGATTGGGACAGGACATCTGGTAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013528
ATGGCTGCAGCTAAAACGCAGAGGAGAATGGCTTTGCGCAGAAAGCTTCACATCTTGAGAACTCTAACCAAATCAAAATCTGTGAAAAGGAGTTCCATTATCATGGATGCTTTTCTCTACATCTACAAGTTGAAACTGCAAGTTGAGGCCATAAAAAAAGAGTATCAATACCTTATCAACCATATCCAACAAGTGAAGGTGGAGAAGATTGGGACAGGACATCTGGTAGTATTGGTGACTTGCAAGAAAGGTGAAGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797629.1
MAAAKTQRRMALRRKLHILRTLTKSKSVKRSSIIMDAFLYIYKLKLQVEAIKKEYQYLINHIQQVKVEKIGTGHLVVLVTCKKGEEILVSILEAFEKLNVNVVQARVSCNHFFGMEAIVQDSVDAAILSHAILEVIQKQTQICIF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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