Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002447`

染色体: Chr02 坐标: 42698713-42699909 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002447`
名称	SmilChr02G002447
描述	uncharacterized SmilChr02G002447
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	42698713 - 42699909 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013545`
GeneID	`131013545`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013545`
原始查询	`SmilChr02G002447`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834609]; symbol=AT5G45700; hit=AT5G45700; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834609]; symbol=AT5G45700; hit=AT5G45700; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G45700` (AT5G45700) Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834609] identity=47.9; qcov=0.99; evalue=1.59e-75; confidence=high
Rice	`Os05g0205100` - identity=45.8; qcov=0.861; evalue=1.12e-56; confidence=high
GO	GO:0004721 (phosphoprotein phosphatase activity)
KEGG	-
Pfam	PF03031 (NIF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013545

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797646.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797646.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797646.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797646.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057797646.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:42698966`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr2:42699087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr2:42699320`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr2:42699404`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,C57,C58
`Chr2:42699422`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr2:42699448`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B110,B45
`Chr2:42699460`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B20
`Chr2:42699460`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr2:42699468`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr2:42699471`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,B45
`Chr2:42699496`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,B45
`Chr2:42699503`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797646.1

287 aa

144

287

NIF

PF03031 NIF 114-273 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797646.1`	Pfam	`PF03031`	NIF	Family	114	273	6e-53	179.5	NLI interacting factor-like phosphatase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941663.1
CTGTGAGCGGTTAACGTCTCTCTTTTTACTTTCTGCTTTAATTGCCGTTTGGCTTTGGGTCCGAACCTAAATAAATTCGACCGTTGCAACCGAGCCTAATTTTTCAAAAGGACTACTCCGCCACGAAAAACGAAAATCACCTCGCCCAACCTTCTCTCTCTCTAGAAATGGTGTCCAAAGTAGTGAAAAGAACCCCCACAAAATCCCTCAAGAACCGGAAAAACCTTCCCTACCCCTATTCCCACCGCCGCAGCCGCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013545
ATGGTGTCCAAAGTAGTGAAAAGAACCCCCACAAAATCCCTCAAGAACCGGAAAAACCTTCCCTACCCCTATTCCCACCGCCGCAGCCGCAAGAAGTCCCCGATCAAGAACGCCGCCGCCGCTGCCGTCGCCTCCATCAACAAGTCCATCTTCACCTGCCACCGCCGCCTCATCAAGATCTTCACGAAGCTCGCCCGCATCGCCACCCCCAACAAAACCCCTCGCAAGAAGGGCTACAAGATTCTCGAGAAAACCCCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797646.1
MVSKVVKRTPTKSLKNRKNLPYPYSHRRSRKKSPIKNAAAAAVASINKSIFTCHRRLIKIFTKLARIATPNKTPRKKGYKILEKTPSNPPSAVRRSLFDDKITLPPPLPPHKNTIFLDLDETLVHSTATVPPERYDFVVRPVIDGEKAEFYVLKRPFVDEFLAYLSGKFEIVVFTAGIEEYASLVLDKLDWRKAISHRLYRDSCKAVDGKFVKDLGEIGRELSRVVIVDDNPNSYQFQPENAIPIRPFVDDMGDEELRKM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器