当前解析结果
SmilChr02G002451| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002451 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002451 |
| 描述 | oil body-associated protein 2C |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 42760002 - 42761349 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013549 |
|---|---|
| GeneID | 131013549 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013549 |
| 原始查询 | SmilChr02G002451 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | oil body-associated protein 2C |
| 产物 | oil body-associated protein 2C |
| Arabidopsis | AT1G29680 (AT1G29680)histone acetyltransferase (DUF1264) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839845] identity=61.3; qcov=0.996; evalue=5.23e-109; confidence=high |
| Rice | Os01g0728700- identity=63.8; qcov=0.991; evalue=3.66e-113; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06884 (DUF1264) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013549 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057797650.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057797650.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057797650.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797650.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797650.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:42760172 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C44,C55 |
Chr2:42760197 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B103,B139,B140,B49,C33 |
Chr2:42760677 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B137,C53 |
Chr2:42760707 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B139,B140,B49,C33 |
Chr2:42760773 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B115,B91,C20,C43,D2 |
Chr2:42760929 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C31 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797650.1PF06884
DUF1264 32-194 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797650.1 |
Pfam | PF06884 |
DUF1264 | Family | 32 | 194 | 2.8e-69 | 232.8 | Protein of unknown function (DUF1264) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。