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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002452

染色体: Chr02 坐标: 42784498-42789111 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002452
名称SmilChr02G002452
描述integrin-linked protein kinase 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向42784498 - 42789111 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013550
GeneID131013550
locus_tag-
NCBI NameLOC131013550
原始查询SmilChr02G002452

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述integrin-linked protein kinase 1-like
产物integrin-linked protein kinase 1-like
ArabidopsisAT4G18950 (AT4G18950)
Integrin-linked protein kinase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827630]
identity=64.8; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0748600 (P0481E12.28-1)
-
identity=59.1; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF12796 (Ank_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013550

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057797651.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057797652.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057797651.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057797651.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797651.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:42786841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr2:42787779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B43,B70,C57,C58
Chr2:42787812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr2:42787940 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C49
Chr2:42787940 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C49
Chr2:42787976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C44,C55
Chr2:42788278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:42788648 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr2:42788784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B114,B134
Chr2:42788794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797651.1
457 aa
N
1
228
457
Ank_2
Ank
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF12796 Ank_2 47-133 aa PF00023 Ank 75-106 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 166-416 aa PF00069 Pkinase 176-413 aa
XP_057797652.1
437 aa
N
1
218
437
Ank_2
Ank
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF12796 Ank_2 47-133 aa PF00023 Ank 75-106 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 166-416 aa PF00069 Pkinase 176-413 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797651.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 47 133 1.3e-13 52.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057797651.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 75 106 1.2e-11 44.8 Ankyrin repeat
XP_057797651.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 166 416 5e-57 193.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797651.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 176 413 9.1e-52 176.8 Protein kinase domain
XP_057797652.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 47 133 1.2e-13 52.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057797652.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 75 106 1.1e-11 45.0 Ankyrin repeat
XP_057797652.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 166 416 4.5e-57 194.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797652.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 176 413 8.1e-52 176.9 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941669.1
TAACCGTTTCACACGCTTTTCCCAGCGCGTGAAGCCACTCGCCTCTCCCAGTTCAAACTTGTCAGTTGTCAACCCCTTTTACCTGTTCAGCCAACTATCTCCCCGCTGTCTTCTGCACACAGTAGAGCGTGTGTCTATATATATAGAGAGAGAAATGCACATTTCTTCTCCGTGTTGAGTTCTTGCAAAGCTTTTTCCCCCTTTTCCTGGCGAAGTTTCGTTTGCTGCATAAGTTTTTAGAGCTCGTGGGTTTCACGCGA...
XM_057941668.1
TAACCGTTTCACACGCTTTTCCCAGCGCGTGAAGCCACTCGCCTCTCCCAGTTCAAACTTGTCAGTTGTCAACCCCTTTTACCTGTTCAGCCAACTATCTCCCCGCTGTCTTCTGCACACAGTAGAGCGTGTGTCTATATATATAGAGAGAGAAATGCACATTTCTTCTCCGTGTTGAGTTCTTGCAAAGCTTTTTCCCCCTTTTCCTGGCGAAGTTTCGTTTGCTGCATAAGTTTTTAGAGCTCGTGGGTTTCACGCGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131013550
ATGGAGTCTGAAACAACCCCCGCGAAGTTCACTCTGTGGAAGCAATCGTCGATGGCTCCGGAGAAGGAGTACGAGGAGCTTGATGATCTGGAGGAGCAGGAAGAGAATGATGTGATTGACATTGATCCAGGGTTGAAGCTTATGTATTTAGTGAATGGGGGCGATTTGGATGGCATTAAGGAGCTCTTGGAGTCCGGCGTGGATGTTAATTTCCGCGATATTGATCACCGGACTGCACTTCATGTTGCTGCTTGCCAGGG...
LOC131013550
ATGGAGTCTGAAACAACCCCCGCGAAGTTCACTCTGTGGAAGCAATCGTCGATGGCTCCGGAGAAGGAGTACGAGGAGCTTGATGATCTGGAGGAGCAGGAAGAGAATGATGTGATTGACATTGATCCAGGGTTGAAGCTTATGTATTTAGTGAATGGGGGCGATTTGGATGGCATTAAGGAGCTCTTGGAGTCCGGCGTGGATGTTAATTTCCGCGATATTGATCACCGGACTGCACTTCATGTTGCTGCTTGCCAGGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057797651.1
MESETTPAKFTLWKQSSMAPEKEYEELDDLEEQEENDVIDIDPGLKLMYLVNGGDLDGIKELLESGVDVNFRDIDHRTALHVAACQGYDDVAQLLLENGAKADSCDRWGSMPLADAIHYKNHGVIKLLEKHGAKDLMAPMHVENAREVPEYEIDPSELDFNGSVQITKGTYRIALWRGTKVAVKTFWEGIADEDKVTAFRDELALLQKIRHPNVVQFLGAVTQSSPMMIVTEYLPKGDLHEYLKKKGSLKPATALRFAMD...
XP_057797652.1
MESETTPAKFTLWKQSSMAPEKEYEELDDLEEQEENDVIDIDPGLKLMYLVNGGDLDGIKELLESGVDVNFRDIDHRTALHVAACQGYDDVAQLLLENGAKADSCDRWGSMPLADAIHYKNHGVIKLLEKHGAKDLMAPMHVENAREVPEYEIDPSELDFNGSVQITKGTYRIALWRGTKVAVKTFWEGIADEDKVTAFRDELALLQKIRHPNVVQFLGAVTQSSPMMIVTEYLPKGDLHEYLKKKGSLKPATALRFAMD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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