当前解析结果
SmilChr02G002456| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002456 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002456 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At1g29670-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 42851946 - 42858951 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013553 |
|---|---|
| GeneID | 131013553 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013553 |
| 原始查询 | SmilChr02G002456 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At1g29670-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At1g29670-like |
| Arabidopsis | AT1G29670 (AT1G29670)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839844] identity=46.6; qcov=0.94; evalue=1.45e-75; confidence=high |
| Rice | Os01g0748500 (OsGELP25)- identity=45.8; qcov=0.88; evalue=2.59e-74; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013553 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057797660.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797660.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797660.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797660.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057797660.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:42852112 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:42852133 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr2:42852283 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B36,B51 |
Chr2:42852283 |
T |
TG |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B36,B51 |
Chr2:42852917 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B34,B90,C56,C68,C81 |
Chr2:42856128 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C3 |
Chr2:42856128 |
TTG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr2:42858672 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797660.1PF00657
Lipase_GDSL 27-327 aa
XP_057797661.1PF00657
Lipase_GDSL 27-270 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797660.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 27 | 327 | 1.8e-30 | 107.4 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057797661.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 27 | 270 | 2.4e-24 | 87.4 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。