Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002459

染色体: Chr02 坐标: 42883825-42885968 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002459
名称SmilChr02G002459
描述GDSL esterase/lipase At5g45670-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向42883825 - 42885968 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013556
GeneID131013556
locus_tag-
NCBI NameLOC131013556
原始查询SmilChr02G002459

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At5g45670-like
产物GDSL esterase/lipase At5g45670-like
ArabidopsisAT5G45670 (AT5G45670)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834606]
identity=72.8; qcov=0.953; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0748500 (OsGELP25)
-
identity=65.8; qcov=0.934; evalue=2.65e-172; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013556

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057797662.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797662.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797662.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797662.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797662.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:42884230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D10
Chr2:42884233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:42884266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,D8
Chr2:42884600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:42884758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B43,B70,C57,C58
Chr2:42885063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:42885082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr2:42885107 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:42885122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr2:42885144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B43,B70,C57,C58
Chr2:42885165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,C27,C44,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797662.1
363 aa
N
1
182
363
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 31-341 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797662.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 31 341 5e-39 135.3 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941679.1
TGCTCAAAATCTCTATATAAGTAGCTACTTTCTTCATGCCTTAAAACACTCACACCTTCTAAATCAACATTGTCTTTCATTTCTCATAATTTTTTGCACTTCCATTCTTACTACATTTTGGTACGCAAATTGAATGGAGTCCAGTGGAGTTAGGAGATGGGCAGCGGCGTGGGCCGTGGCGGCGATGGTGCTGGCCGTGGCAGCGGAGCCCCAAGTTCCATGCCTCTTTATATTTGGTGATTCATTGGTGGATAATGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013556
ATGGAGTCCAGTGGAGTTAGGAGATGGGCAGCGGCGTGGGCCGTGGCGGCGATGGTGCTGGCCGTGGCAGCGGAGCCCCAAGTTCCATGCCTCTTTATATTTGGTGATTCATTGGTGGATAATGGCAACAACAACAACATTCAGTCATTGGCTAAGGCTAATTACTTGCCTTACGGAATCGATTTTCCCAACGGCCCAACCGGCCGGTTTTCCAATGGCAAAACCACGGTCGATGTTGTGGCTGAATTACTAGGCTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797662.1
MESSGVRRWAAAWAVAAMVLAVAAEPQVPCLFIFGDSLVDNGNNNNIQSLAKANYLPYGIDFPNGPTGRFSNGKTTVDVVAELLGFDDYIPPYAAARGQQILRGVNYASAAAGIRSETGRQLGGRIDFTGQVNNYRNTVQQVVNILGDQASAANYLSKCIYSVGLGSNDYLNNYFMPLYYSTSQRYSPQQYADVLIQQYTQQLTNLYNYGARKFVLIGIGQIGCSPNALAQNSADGSTCVKRINDANQIFNTKLRGLVDT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器