Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002460`

染色体: Chr02 坐标: 42886444-42889510 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002460`
名称	SmilChr02G002460
描述	uncharacterized SmilChr02G002460
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	42886444 - 42889510 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013557`
GeneID	`131013557`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013557`
原始查询	`SmilChr02G002460`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013557

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057797663.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057797663.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797663.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797663.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797663.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:42886632`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B66,B67,C4
`Chr2:42886665`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C83
`Chr2:42886665`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C83
`Chr2:42886683`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,C49,C55
`Chr2:42886714`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A4,B15,B19,B5,B65,B69,B9,C56
`Chr2:42886726`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B15,B19,B5,B9
`Chr2:42886757`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B108,B4
`Chr2:42886769`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,B7
`Chr2:42886776`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C17,D3
`Chr2:42886822`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B90,B92
`Chr2:42886848`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B126,B71,C62
`Chr2:42886856`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B22,B69,C2,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009097728.1
GTGTAAAAAAAAAGGCAATAGTTGGAAGCCTCATTTCTCCTCTGTCCTCATTTTGAGATCCTTGCCTCAAACCCTAGTATTCCGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGCAAATCACCACCTTCAATTGCCTCAAACCTCCGACTAACTTCAGCCGCCACCGTCGACGACGGCCGCCCATGGAATCCATGCCGCCTTCGGATGAGAATGGTTGGGTGAATCCTCGTCGGCCCTTAAATCGCCCTCCCGTTGATTTAATCCT...

XM_057941680.1
GTGTAAAAAAAAAGGCAATAGTTGGAAGCCTCATTTCTCCTCTGTCCTCATTTTGAGATCCTTGCCTCAAACCCTAGTATTCCGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGCAAATCACCACCTTCAATTGCCTCAAACCTCCGACTAACTTCAGCCGCCACCGTCGACGACGGCCGCCCATGGAATCCATGCCGCCTTCGGATGAGAATGGTTGGGTGAATCCTCGTCGGCCCTTAAATCGCCCTCCCGTTGATTTAATCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013557
ATGGAATCCATGCCGCCTTCGGATGAGAATGGTTGGGTGAATCCTCGTCGGCCCTTAAATCGCCCTCCCGTTGATTTAATCCTTAAGAATCTCCGACCTCCACCTCGTAATCCCTCTCCGATCTCCACCTCAAAGTCGAAAGAAACTCCGATCCCCACCTCCAAGACCGAAGAAACTCCGATCTGTATGTTTTCGCCGTATCCCTCTTCGATCTCCACTAATCACCCGAGATATGGCCGTCTCCGCCGCCCCCCCACCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797663.1
MESMPPSDENGWVNPRRPLNRPPVDLILKNLRPPPRNPSPISTSKSKETPIPTSKTEETPICMFSPYPSSISTNHPRYGRLRRPPTAMTDESGGLAGGGRLVDGRDLCKSAGGSLSKSSTDPYWIRGGSYGWSADFDWESDDDMSSMENEEDLVDPYFPFPKEGETWDAAVEEAERQMKEEGLYSVGIAD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器