当前解析结果
SmilChr02G002463| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002463 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002463 |
| 描述 | protein SRG1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 42965984 - 42970670 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013560 |
|---|---|
| GeneID | 131013560 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013560 |
| 原始查询 | SmilChr02G002463 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SRG1-like |
| 产物 | protein SRG1-like |
| Arabidopsis | AT1G17020 (SRG1)senescence-related 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838272] identity=51.9; qcov=0.966; evalue=1.3e-121; confidence=high |
| Rice | Os10g0559500 (FLS)- identity=40; qcov=0.924; evalue=1.41e-88; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013560 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057797667.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057797667.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057797667.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797667.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797667.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:42966251 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C4,D11 |
Chr2:42969290 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B130,B54,C79,C81 |
Chr2:42969425 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B15,B30,C37,C39,C4 |
Chr2:42970113 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr2:42970233 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr2:42970448 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797667.1PF14226
DIOX_N 54-164 aa
PF03171
2OG-FeII_Oxy 212-310 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797667.1 |
Pfam | PF14226 |
DIOX_N | Family | 54 | 164 | 4.2e-27 | 95.9 | non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal |
XP_057797667.1 |
Pfam | PF03171 |
2OG-FeII_Oxy | Domain | 212 | 310 | 2.8e-33 | 114.9 | 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。