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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002485

染色体: Chr02 坐标: 43241794-43244074 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002485
名称SmilChr02G002485
描述uncharacterized protein At2g29880-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向43241794 - 43244074 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013580
GeneID131013580
locus_tag-
NCBI NameLOC131013580
原始查询SmilChr02G002485

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT2G24960 (AT2G24960)
Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817035]
identity=23.7; qcov=0.478; evalue=2.83e-06; confidence=weak
RiceOs02g0328500
-
identity=29.8; qcov=0.506; evalue=5.16e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013580

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797689.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797689.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797689.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797689.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057797689.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:43241947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B104
Chr2:43241991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B50,B77,C75
Chr2:43242010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:43242019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A8,B104
Chr2:43242025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,A8
Chr2:43242035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,C36,C49
Chr2:43242042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C5
Chr2:43242045 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B132,B17,B92,C56
Chr2:43242045 AT A 1bp_deletion CDS_variant 4 B132,B17,B92,C56
Chr2:43242051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr2:43242063 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B130,C36,C49
Chr2:43242063 G GGT 2bp_insertion CDS_variant 3 B130,C36,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941706.1
CCCACTCCCTACCCTTCTAATAAACCCTGCTTGAAGTCCACGAAATCAGATTTTGAAAAACCACCATCTCTGATTTTTTGGGAGCCATTTTTTCGCACTAAAAACTGGAAACATTTGGCGACTTTGAAAGAGAAACGTCTCTGCCATCTTCGTCGTCCGTTGTCGATCACCGGCAGCTACCGATCGGAGTTTGTGATTCACCGTGGTTGCTTTCAAAATGGCTTCGAATATCCAAGGACTTGAGTCAGGTACCAGCGATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013580
ATGGCTTCGAATATCCAAGGACTTGAGTCAGGTACCAGCGATACGAGTCGTTCCCAGGCAAATAAAACCCAACAGACTCGCCGATCATGGTCTACGAAGGAAGAGCTTGTGTTGTTGTCTGCTTTGAAGGAATTAGTAGCACAAGGATGGAAGTCGGACAATGGGTTCCGGGCTAGGTTTCTCGGTAAACTTGAGGATGCCTTGAAGAAGGAGTTTCCGGGCACCGATCTGAAAGCTACACCACATATCAATTCAAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797689.1
MASNIQGLESGTSDTSRSQANKTQQTRRSWSTKEELVLLSALKELVAQGWKSDNGFRARFLGKLEDALKKEFPGTDLKATPHINSKIGSWKKFYNSLVSMLDKSGIGNLNGDYMIDCSNDQWEHIVNCDPGARGMRKKSWPLFEDWKEIFGKDRANGKTAQDLMDAINDMTSRDNLARDAISKENGQNVQVENEIDIDVAENSVCQSENVSERPRSSRKKRKQDEYIDRLYDVLVQLGQNTDKRLEHIGTRTEYEFDLSK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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