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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002500

染色体: Chr02 坐标: 43449618-43450674 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002500
名称SmilChr02G002500
描述disease resistance protein Pik-1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向43449618 - 43450674 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013593
GeneID131013593
locus_tag-
NCBI NameLOC131013593
原始查询SmilChr02G002500

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述disease resistance protein Pik-1-like
产物disease resistance protein Pik-1-like
ArabidopsisAT3G07600 (AT3G07600)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819951]
identity=39.7; qcov=0.646; evalue=2.23e-13; confidence=low
RiceOs04g0464100
-
identity=44.9; qcov=0.788; evalue=4.72e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013593

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057797702.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057797702.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057797702.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797702.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797702.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:43449873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C49,C63
Chr2:43449880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C39,C75
Chr2:43449926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B61,B67,C29,C5
Chr2:43449927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C4
Chr2:43449945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:43449961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:43449963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C29,C5
Chr2:43449964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr2:43449984 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 3 A1,B87,C36
Chr2:43449984 T TC 1bp_insertion CDS_variant 3 A1,B87,C36
Chr2:43449991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B87,C36
Chr2:43449992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B37,B53,C53,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941719.1
CGCTACACTGCTGTTCTGAGACGGAGGGAGCCGCGCACGCAGCAGCGTTGCTCCGCCACTGCTGACTCGCCCCACCCCTGAATTCCAATTCGCCTCGCCGGAGTCGTTGCAGCGGCTGGGCAGATCTGGCGTGGGCAATAGAGGATGGGGTCGGACGGCGGTGGGTGGCGCGGAGGCTGGTGAGGATCTGGTGGTTCTGGCGGTGGAGCTAGGGGGTTTTGCTGCGGAAACCCTAGATCTGAAGCGGTGTTCTCGGATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013593
ATGCAAATTAAGATTGTGGTGAGGGTGTCGATGAACGACGAGAAATCCCGATCCAAAGCCCTAAAAATTTCGGTGGGGATATCGGGCGTGGAATCGGCGGTGCTGGCGGGGGCGTCGAAGGATCAGGTGGTGGTGGCGGGAGAGAGCATCGACGCCGTGGAGCTCACGCGGCAGCTGAGGAAGGGCGTGGGTCACGCGGAGCTTGTGAGCGTGGGCGAGGACAAGAAGAAAGAGAAGCCCGCCGCTAAGATGGAGGCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797702.1
MQIKIVVRVSMNDEKSRSKALKISVGISGVESAVLAGASKDQVVVAGESIDAVELTRQLRKGVGHAELVSVGEDKKKEKPAAKMEAPAPSVPLWSNSYHPIYETRPNDTCTIM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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