当前解析结果
SmilChr02G002511| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002511 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002511 |
| 描述 | urease accessory protein G |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 43567218 - 43570945 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013603 |
|---|---|
| GeneID | 131013603 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013603 |
| 原始查询 | SmilChr02G002511 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | urease accessory protein G |
| 产物 | urease accessory protein G |
| Arabidopsis | AT2G34470 (UREG)urease accessory protein G [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818010] identity=89.5; qcov=0.922; evalue=1.5e-166; confidence=high |
| Rice | Os05g0565200 (UREG)- identity=87.5; qcov=0.918; evalue=4.24e-160; confidence=high |
| GO | GO:0003924 (GTPase activity); GO:0006807 (GO:0006807); GO:0016151 (nickel cation binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02492 (cobW) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013603 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057797709.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057797709.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057797709.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057797709.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797709.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:43568314 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B5 |
Chr2:43569176 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:43570512 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797709.1PF02492
cobW 69-239 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797709.1 |
Pfam | PF02492 |
cobW | Domain | 69 | 239 | 8.2e-35 | 120.8 | CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。