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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002511

染色体: Chr02 坐标: 43567218-43570945 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002511
名称SmilChr02G002511
描述urease accessory protein G
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向43567218 - 43570945 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013603
GeneID131013603
locus_tag-
NCBI NameLOC131013603
原始查询SmilChr02G002511

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述urease accessory protein G
产物urease accessory protein G
ArabidopsisAT2G34470 (UREG)
urease accessory protein G [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818010]
identity=89.5; qcov=0.922; evalue=1.5e-166; confidence=high
RiceOs05g0565200 (UREG)
-
identity=87.5; qcov=0.918; evalue=4.24e-160; confidence=high
GOGO:0003924 (GTPase activity); GO:0006807 (GO:0006807); GO:0016151 (nickel cation binding)
KEGG-
PfamPF02492 (cobW)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013603

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057797709.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057797709.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057797709.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057797709.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797709.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:43568314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr2:43569176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:43570512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797709.1
269 aa
N
1
134
269
cobW
C
PF02492 cobW 69-239 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797709.1 Pfam PF02492 cobW Domain 69 239 8.2e-35 120.8 CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941726.1
TTCAAGCAATATCCCAATTAAACGTATCCAGCAAAATTTGCTCTTTCCAAGGTACACAAGGGTAATTTCGTAAAACCAGCATCCTCATCATCTTCTTCTTCTTTCTTTTCTGCTCATTTCTCCCACTTCACAGCCGCACACACACACTTCAATGGCGTCTGTCGATCACCATATGCACGACCACGACCACGACGACCACCATCACAAGGAGGAATCGTGGATTGGTCCGGACGGGAAGGTGTACCACAGCCACGATGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013603
ATGGCGTCTGTCGATCACCATATGCACGACCACGACCACGACGACCACCATCACAAGGAGGAATCGTGGATTGGTCCGGACGGGAAGGTGTACCACAGCCACGATGGACTGGCGCCGCACTCGCACGACCCAATTGAATCCCCCGGCTACTTCACCAGACGAGCACCGCCGCTCCTTAATCGCGATTTCAACGAGAGAGCCTTCACCGTCGGTATCGGCGGCCCCGTCGGCACCGGGAAGACGGCGTTGATGTTAGCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797709.1
MASVDHHMHDHDHDDHHHKEESWIGPDGKVYHSHDGLAPHSHDPIESPGYFTRRAPPLLNRDFNERAFTVGIGGPVGTGKTALMLALCQFLREKYSLAAVTNDIFTKEDGEFLIKHGALAEERIRAVETGGCPHAAIREDISINLGPLEELSNLYKADILLCESGGDNLAANFSRELADYIIYIIDVSAGDKIPRKGGPGITQADLLVINKTDIAAAVGADLSVMERDSLRMRDGGPFVFAQVKHGVGVKEIVEHILGGW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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