Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002534`

染色体: Chr02 坐标: 44045881-44051520 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002534`
名称	SmilChr02G002534
描述	transcription factor TCP24-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	44045881 - 44051520 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013627`
GeneID	`131013627`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013627`
原始查询	`SmilChr02G002534`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor TCP24-like
产物	transcription factor TCP24-like
Arabidopsis	`AT1G30210` (TCP24) TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea, and PCF family 24 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839901] identity=38.3; qcov=0.974; evalue=1.7e-47; confidence=medium
Rice	`Os07g0152000` (OsTCP21) - identity=56.5; qcov=0.379; evalue=1.89e-32; confidence=low
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03634 (TCP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013627

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797741.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797741.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797741.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797741.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057797741.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:44050189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B69
`Chr2:44050240`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,B68,D10,D4
`Chr2:44050286`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B47,B84,C24
`Chr2:44050286`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B47,B84,C24
`Chr2:44050308`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr2:44050312`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B20,B34,C16
`Chr2:44050315`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,A10,B93,C2
`Chr2:44050361`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr2:44050388`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B22,B65,C13,C77
`Chr2:44050395`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B127,B54,B68
`Chr2:44050398`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C9
`Chr2:44050398`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797741.1

346 aa

173

346

TCP

PF03634 TCP 71-191 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797741.1`	Pfam	`PF03634`	TCP	Family	71	191	3.7e-32	112.7	TCP family transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941758.1
TGATTTAATTTAGGTTTGTTGTTGCAGAGTTAAAGAGTGAAGACAAGGGACAAACAGACACAGGCTTTGGATTTTTTTTATTAAAACACTGCAGAAAGCCTTCTCTCTGCTGCTAAAAATACACCGAATTGAACCCCTCTCTCTCTTCAGTATCTCTTTAGCCAAGCCGCTCACCACATTTAATCCCTCTCCCTACTGTTCTAGCTGTCTCCTTTTCAACTCAAAAACCCTACTTCTACAAATTCATCACATTTCATTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013627
ATGGAGGTGGATCAGATCCAATGTAAATTCCCAAAAATCAGCAATGGCGGTTATGCTTCAACAATAGCAAGCCGGAGAGAGAAAATGAACGACGACGACGACGAGGGGGAGAACCGGCGGAGCAATCCGAACAAAGGCGGCTCGGCCGATCCAGTCGGCGGACTATACGGCTGGCCGTCGTCGCGGATTGTTAGGGTTTCGAGAGCCACGGGCGGGAAGGACCGCCACAGCAAGGTCCTTACATCGCGAGGGCTGAGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797741.1
MEVDQIQCKFPKISNGGYASTIASRREKMNDDDDEGENRRSNPNKGGSADPVGGLYGWPSSRIVRVSRATGGKDRHSKVLTSRGLRDRRVRLSVNTAIEFYDLQDRLGYDQPSKAVEWLLAAAAGSIAELPPMNSPFAESAAASGRMMALDSVFDGGEAAAGKSSIGSSSSETSKGSGLSIARSDKAKERENEKSSYVASFTELLSGGGGGINCFNGRDQRPVNEENSNFFLKFPTDYFSRGLSAPQATASPSPLLFSAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器