当前解析结果
SmilChr02G002543| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002543 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002543 |
| 描述 | BAG family molecular chaperone regulator 3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 44288319 - 44293962 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013636 |
|---|---|
| GeneID | 131013636 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013636 |
| 原始查询 | SmilChr02G002543 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | BAG family molecular chaperone regulator 3-like |
| 产物 | BAG family molecular chaperone regulator 3-like |
| Arabidopsis | AT5G62100 (BAG2)BCL-2-associated athano 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836330] identity=36.4; qcov=1.09; evalue=1.24e-55; confidence=medium |
| Rice | Os09g0524800 (OsBAG1)- identity=42.5; qcov=0.794; evalue=3.86e-52; confidence=medium |
| GO | GO:0000774 (adenyl-nucleotide exchange factor activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0050821 (protein stabilization); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00240 (ubiquitin); PF02179 (BAG) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013636 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057797748.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057797748.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057797748.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057797748.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797748.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:44288785 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C57 |
Chr2:44288980 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr2:44292585 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B83,B89,D5 |
Chr2:44293716 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,C34 |
Chr2:44293761 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B135,C27,C44 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797748.1PF00240
ubiquitin 73-128 aa
PF02179
BAG 155-232 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797748.1 |
Pfam | PF00240 |
ubiquitin | Domain | 73 | 128 | 1.1e-09 | 38.6 | Ubiquitin family |
XP_057797748.1 |
Pfam | PF02179 |
BAG | Family | 155 | 232 | 5.4e-08 | 33.9 | BAG domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。