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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002549

染色体: Chr02 坐标: 44366303-44368574 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002549
名称SmilChr02G002549
描述uncharacterized SmilChr02G002549
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向44366303 - 44368574 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013641
GeneID131013641
locus_tag-
NCBI NameLOC131013641
原始查询SmilChr02G002549

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013641

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797754.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797754.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797754.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797754.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057797754.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:44366447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B137,B58,C28,C49
Chr2:44366492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr2:44366505 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:44366522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B44,C52
Chr2:44366555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B140,B19,C1
Chr2:44366564 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,B45
Chr2:44366597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr2:44366598 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B78,B9,C61
Chr2:44366611 A ACT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C8
Chr2:44366611 A ACT 2bp_insertion CDS_variant 1 C8
Chr2:44366617 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 49 A14,A4,A9,B109,B114,B119,B121,B130,B132,B14,B140,B19,B20,B24,B25,B3,B33,B42,B47,B51,B55,B6,B64,B67,B69,B78,B88,C1,C12,C13,C17,C20,C22,C23,C31,C35,C41,C42,C52,C59,C61,C8,C80,C82,C87,D1,D4,D5,D9
Chr2:44366629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941771.1
TTATGAATTTGCAATTATGTCATTGATATACATTTACTCTAGTGTATTATCAAAGTTCTCTCTCTCCCTTCAAAACTAGGTCTGCGAAAATACAAAACATTCACTCTTGCATTCACAGCGCTCTTCCATTAACGGCGCTCATCTATTCACAGCGCATAGTGAACGCGACGAACCGAGGGTTTTTGTGTGTCGTCATGGCGAAGACGAAGGGTGGATATGGTGGATCATGTGGGAATGCGTTGCAGAAGCAAGGGACTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013641
ATGGTGGATCATGTGGGAATGCGTTGCAGAAGCAAGGGACTGCTTAAGAAAACAAATTATAATTTGTCCCCTTTTATGGAGAGGAGTGTGAGTACGACCAAACGTCTCAATAAGAAAGAGAAGGCTTTGGCCCTATTTGGGATGTACAACCAGAAAGAGGACAATGTCAAAGTGATGTTCCAGTATGATAATACAATTCTGCAACGAATGCACATGGCAACACTCTGCAGGGATAATGTTGTAAGTCCTGAAGTCATTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797754.1
MVDHVGMRCRSKGLLKKTNYNLSPFMERSVSTTKRLNKKEKALALFGMYNQKEDNVKVMFQYDNTILQRMHMATLCRDNVVSPEVITAWVICLNMNEEFRSDASPTRFFASVEICSESIVQPPSTWTYNRRRDIFFRLLSNELSGLQQMAVSGIDLFCFPVYRIMNFFMVCVDIRKEKAYVLDSRNETQVQCRDEKYLSTVNDVKQMLGDYMGHLGHVHKSNVVKRSKMLIPHIKWGDSKNINDSGVYMMRHMEAFMGEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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