Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002575

染色体: Chr02 坐标: 44763248-44765728 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002575
名称SmilChr02G002575
描述ethylene-responsive transcription factor ERF110-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向44763248 - 44765728 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011634
GeneID131011634
locus_tag-
NCBI NameLOC131011634
原始查询SmilChr02G002575

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor ERF110-like
产物ethylene-responsive transcription factor ERF110-like
ArabidopsisAT5G50080 (ERF110)
ethylene response factor 110 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835072]
identity=59.7; qcov=0.362; evalue=5.74e-37; confidence=low
RiceOs12g0168100 (DERF8)
-
identity=54.8; qcov=0.317; evalue=2.16e-33; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011634

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795389.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795389.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795389.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795389.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057795389.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:44763797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:44763970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr2:44763988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr2:44764111 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B60
Chr2:44764660 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:44764747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B1,B118,B2,D4
Chr2:44764815 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 13 A21,A7,B101,B13,B130,B2,B28,B54,B7,C16,C42,C79,C81
Chr2:44764817 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 13 A21,A7,B101,B13,B130,B2,B28,B54,B7,C16,C42,C79,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795389.1
398 aa
N
1
199
398
AP2
C
PF00847 AP2 191-240 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795389.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 191 240 2.4e-14 54.0 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939406.1
TTGGAGAAGCAATAAGTTTTGGGTGGAGAAGTTGGACCGCAACTTAAACAAAATCCAAAGCCCATTTACTTAGGAGCAGGAGCACTCCAATTTCCTCAACACAATTAGCAATGCCATAACACAAGTCCCTTTTGGCTTCGTCGTTCGCAATCGATGCTGCTGATCCCATCCGTCATCGTCATCATCATCGTGCACTGCACAGAACTCAATTCAAACATAACCTCTGCCTACCCAAAGAGGTTAACCGACATTCCCCTAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011634
ATGTGCTTGATTAATAAGGTGGCGAATCGACAGGGCAGCGGCGACTTCGCCAGAATCCGGCCGACGTCTAACACTTCCTCCACCGCCTCCGCAACAGCCGCCGCTACCGCTAATGTTCAGACCAATCCTTACTTCCACGCGCAGCAGCAGCAGCAGCCGGATTACCTTCTGTCGGCGGTGGTGTCGCCGCCGCCTGCCCCATCGGGGCACGGCGAATTCGGTGAGATGTCGGCGATGGTGACGGCGCTCACCCACGTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795389.1
MCLINKVANRQGSGDFARIRPTSNTSSTASATAAATANVQTNPYFHAQQQQQPDYLLSAVVSPPPAPSGHGEFGEMSAMVTALTHVVSGQRQAPSFGGSGSFNPSTVDSPTSAYSSSSSGSWAGQKRRRHQDDSSDRVYRGLGESSSSVKAEPECEMSTAAPTTTAAAAEPPRQPESSAAPPEEAGERRRKYRGVRQRPWGKWAAEIRDPHKAARVWLGTFETAEAAARAYDEAALRFRGNRAKLNFPEHVRVLPPPQPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器