当前解析结果
SmilChr02G002575| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002575 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002575 |
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor ERF110-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 44763248 - 44765728 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011634 |
|---|---|
| GeneID | 131011634 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011634 |
| 原始查询 | SmilChr02G002575 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor ERF110-like |
| 产物 | ethylene-responsive transcription factor ERF110-like |
| Arabidopsis | AT5G50080 (ERF110)ethylene response factor 110 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835072] identity=59.7; qcov=0.362; evalue=5.74e-37; confidence=low |
| Rice | Os12g0168100 (DERF8)- identity=54.8; qcov=0.317; evalue=2.16e-33; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011634 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057795389.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795389.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795389.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057795389.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057795389.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:44763797 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:44763970 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B87 |
Chr2:44763988 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B87 |
Chr2:44764111 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,B60 |
Chr2:44764660 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:44764747 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B1,B118,B2,D4 |
Chr2:44764815 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 13 | A21,A7,B101,B13,B130,B2,B28,B54,B7,C16,C42,C79,C81 |
Chr2:44764817 |
TGC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 13 | A21,A7,B101,B13,B130,B2,B28,B54,B7,C16,C42,C79,C81 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795389.1PF00847
AP2 191-240 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795389.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 191 | 240 | 2.4e-14 | 54.0 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。