Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002576`

染色体: Chr02 坐标: 44817315-44817967 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002576`
名称	SmilChr02G002576
描述	uncharacterized SmilChr02G002576
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	44817315 - 44817967 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009584`
GeneID	`131009584`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009584`
原始查询	`SmilChr02G002576`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G20520` (AT4G20520) RNA binding / RNA-directed DNA polymerase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827800] identity=52.8; qcov=0.27; evalue=1.36e-09; confidence=weak
Rice	`Os06g0484800` - identity=26.6; qcov=1.04; evalue=3.51e-12; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009584

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057792982.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057792982.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792982.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792982.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792982.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:44817334`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr2:44817345`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	88	A16,A19,A21,A25,A3,B1,B10,B102,B105,B107,B111,B112,B113,B119,B122,B123,B126,B129,B133,B134,B136,B138,B14,B20,B3,B33,B34,B37,B4,B40,B42,B43,B46,B49,B50,B59,B60,B66,B67,B70,B73,B79,B8,B80,B84,B88,B90,B92,B98,C14,C15,C17,C18,C19,C20,C21,C26,C29,C3,C30,C35,C38,C39,C44,C46,C47,C50,C53,C54,C55,C6,C60,C61,C63,C64,C66,C7,C71,C73,C76,C79,C8,C83,C9,D2,D4,D7,D8
`Chr2:44817380`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C41
`Chr2:44817380`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C41
`Chr2:44817558`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B135,C58,C67,C85
`Chr2:44817609`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B21
`Chr2:44817609`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B21
`Chr2:44817680`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr2:44817757`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B110,C7
`Chr2:44817861`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B41,B55,B87,C23
`Chr2:44817865`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr2:44817868`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	95	A16,A18,A19,A21,A25,A3,B1,B10,B102,B105,B107,B111,B112,B113,B115,B119,B12,B122,B123,B126,B129,B133,B134,B136,B138,B14,B20,B3,B33,B34,B37,B4,B40,B42,B43,B46,B48,B49,B50,B59,B60,B66,B67,B70,B73,B79,B8,B80,B84,B88,B90,B92,B93,B98,C14,C15,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C26,C29,C3,C30,C35,C38,C39,C44,C46,C47,C50,C53,C54,C55,C6,C60,C61,C63,C64,C66,C7,C71,C74,C76,C79,C8,C83,C86,C9,D2,D4,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792982.1

196 aa

196

RVT_1

PF00078 RVT_1 75-190 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792982.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	75	190	3.5e-07	31.0	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936999.1
ATGGGAAGATTCATCACTCGCCAAGTGTTGCGGGTGTTCAATAGTGAGGCGGGCATAAGGGATTGGAACCACACTTTGATAGGCCTTATCCCCAAGAAAGATAAGCCGGAAGAGGTTGCGGATTTCAGGCTGGGCCTTGGGGCGACTATTAGACTAGAATCAAAGCGCATTCATCAAAGGCCACCAGATAATATTCTCATTAGCTTCGAGTATCGGCACTGGATACGTAATAAGAAGAAAGGGAATGAGGGTACGGTGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009584
ATGGGAAGATTCATCACTCGCCAAGTGTTGCGGGTGTTCAATAGTGAGGCGGGCATAAGGGATTGGAACCACACTTTGATAGGCCTTATCCCCAAGAAAGATAAGCCGGAAGAGGTTGCGGATTTCAGGCTGGGCCTTGGGGCGACTATTAGACTAGAATCAAAGCGCATTCATCAAAGGCCACCAGATAATATTCTCATTAGCTTCGAGTATCGGCACTGGATACGTAATAAGAAGAAAGGGAATGAGGGTACGGTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792982.1
MGRFITRQVLRVFNSEAGIRDWNHTLIGLIPKKDKPEEVADFRLGLGATIRLESKRIHQRPPDNILISFEYRHWIRNKKKGNEGTVALKLDMSKAYDRVEWDYLEDVMMKMRFPENAKRLIMRCVRSVSFSFLLNRSVYPFLFALCAQGLPSLFHKAAMNDRIRGVPLILRTLNITHLFFADNSLLFFQAKGTKQW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器