当前解析结果
SmilChr02G002578| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002578 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002578 |
| 描述 | protein LIKE COV 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 44831617 - 44835979 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011637 |
|---|---|
| GeneID | 131011637 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011637 |
| 原始查询 | SmilChr02G002578 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein LIKE COV 2-like |
| 产物 | protein LIKE COV 2-like |
| Arabidopsis | AT1G43130 (LCV2)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840912] identity=78; qcov=0.938; evalue=3.31e-140; confidence=high |
| Rice | Os01g0867900 (P0677H08.9-1)- identity=75.5; qcov=0.945; evalue=3.16e-141; confidence=high |
| GO | GO:0005794 (Golgi apparatus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04367 (DUF502) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011637 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057795392.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057795392.1 |
| 3 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057795392.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057795392.1 |
| 5 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057795392.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:44835345 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795392.1PF04367
DUF502 113-213 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795392.1 |
Pfam | PF04367 |
DUF502 | Family | 113 | 213 | 2.6e-27 | 95.5 | Protein of unknown function (DUF502) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。