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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002587

染色体: Chr02 坐标: 44961907-44966107 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002587
名称SmilChr02G002587
描述G-box-binding factor 4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向44961907 - 44966107 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011644
GeneID131011644
locus_tag-
NCBI NameLOC131011644
原始查询SmilChr02G002587

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-box-binding factor 4-like
产物G-box-binding factor 4-like
ArabidopsisAT5G44080 (AT5G44080)
Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834431]
identity=40.3; qcov=1.08; evalue=2.49e-45; confidence=medium
RiceOs01g0867300 (BZIP12)
-
identity=49.6; qcov=0.48; evalue=3.36e-28; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011644

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795398.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795398.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795398.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795398.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057795398.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:44965274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B58,C54
Chr2:44965288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:44965721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795398.1
296 aa
N
1
148
296
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 217-263 aa PF00170 bZIP_1 217-274 aa
XP_057795399.1
278 aa
N
1
139
278
bZIP_1
bZIP_2
C
PF00170 bZIP_1 217-262 aa PF07716 bZIP_2 217-262 aa
XP_057795401.1
269 aa
N
1
134
269
bZIP_1
bZIP_2
C
PF00170 bZIP_1 217-262 aa PF07716 bZIP_2 217-262 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795398.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 217 263 1.6e-09 38.4 Basic region leucine zipper
XP_057795398.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 217 274 1.1e-12 48.5 bZIP transcription factor
XP_057795399.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 217 262 2.9e-13 50.4 bZIP transcription factor
XP_057795399.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 217 262 3.6e-10 40.4 Basic region leucine zipper
XP_057795401.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 217 262 1.1e-12 48.6 bZIP transcription factor
XP_057795401.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 217 262 9.9e-10 39.0 Basic region leucine zipper

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097061.1
TCTCTTTCCCCTCCGGTATTGTTCCTGCGTTTTCGTCCGGTTCCAACAAGAATCGTGTAACTTAAAAAAGATTTCAGTTCACAGTTTAAAGAATTTCTGGCCAATTAGAAGCGAACACGTAAATATCCCAAACTGCAAGTCCAAGATTTCCAAAACCCTAGGTAGCTGTCGATCTTCTGCGCGCGCGCGCACACACTAACATCACGTAGACAAGTATGTGTAAATTTGTTGTGTGTATGCGCTGATACATACACATTTTG...
XM_057939415.1
TCTTTCCCCTCCGGTATTGTTCCTGCGTTTTCGTCCGGTTCCAACAAGAATCGTGTAACTTAAAAAAGATTTCAGTTCACAGTTTAAAGAATTTCTGGCCAATTAGAAGCGAACACGTAAATATCCCAAACTGCAAGTCCAAGATTTCCAAAACCCTAGGTAGCTGTCGATCTTCTGCGCGCGCGCGCACACACTAACATCACGTAGACAAGTATGTGTAAATTTGTTGTGTGTATGCGCTGATACATACACATTTTGTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131011644
ATGGCGTCGTCGAAGATCATGGCTTCTTCGACATCGCGCGATTCGGATCTCAAGCGCAAGCTCTCGGCGTGTACTTCCACCTCCTCGACTGCAGATTTTCTCAGGATTGATAGCGGCAGCAATGCTCGCGGTGATTTGGCCTCCGGTTCTGCGGTGCTGGGCGGATTTTTGAGTAATGCTTGTGTGGCAAGGAATTCGGCTCCGGATCAGGTTCATCGGGCGGCTGTTGAGGCGGAGAGTAGCTCGAGTACGCTGTTGAA...
LOC131011644
ATGGCGTCGTCGAAGATCATGGCTTCTTCGACATCGCGCGATTCGGATCTCAAGCGCAAGCTCTCGGCGTGTACTTCCACCTCCTCGACTGCAGATTTTCTCAGGATTGATAGCGGCAGCAATGCTCGCGGTGATTTGGCCTCCGGTTCTGCGGTGCTGGGCGGATTTTTGAGTAATGCTTGTGTGGCAAGGAATTCGGCTCCGGATCAGGTTCATCGGGCGGCTGTTGAGGCGGAGAGTAGCTCGAGTACGCTGTTGAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057795398.1
MASSKIMASSTSRDSDLKRKLSACTSTSSTADFLRIDSGSNARGDLASGSAVLGGFLSNACVARNSAPDQVHRAAVEAESSSSTLLNAEITLLDAAGAVTPISDGEREPPRMARKTVDDVWREIVAGKKSEKQPKEEMMTLEDFLAKAGAEEEDEEVEATRTSVEVKEEGLSGRFYSFESGSGAIGAALSGGLDVGGLSGGRGRRSLSLLEPMDKAAQQRQRRMIKNRESAARSRERKQAYQVELESMAVRLEEENEQLL...
XP_057795399.1
MASSKIMASSTSRDSDLKRKLSACTSTSSTADFLRIDSGSNARGDLASGSAVLGGFLSNACVARNSAPDQVHRAAVEAESSSSTLLNAEITLLDAAGAVTPISDGEREPPRMARKTVDDVWREIVAGKKSEKQPKEEMMTLEDFLAKAGAEEEDEEVEATRTSVEVKEEGLSGRFYSFESGSGAIGAALSGGLDVGGLSGGRGRRSLSLLEPMDKAAQQRQRRMIKNRESAARSRERKQAYQVELESMAVRLEEENEQLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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