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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002588

染色体: Chr02 坐标: 45000641-45002446 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002588
名称SmilChr02G002588
描述probable mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26c
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向45000641 - 45002446 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011645
GeneID131011645
locus_tag-
NCBI NameLOC131011645
原始查询SmilChr02G002588

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26c
产物probable mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26c
ArabidopsisAT5G09850 (AT5G09850)
Transcription elongation factor (TFIIS) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830845]
identity=38; qcov=0.963; evalue=1.88e-44; confidence=medium
RiceOs12g0165700 (OsTFIIS-like)
-
identity=34.3; qcov=0.996; evalue=2.4e-34; confidence=low
GOGO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF08711 (Med26)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011645

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795402.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057795402.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795402.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795402.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795402.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:45001023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B41,B70,C57,C58
Chr2:45001201 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 2 A2,C60
Chr2:45001201 C CCT 2bp_insertion CDS_variant 2 A2,C60
Chr2:45001984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,C76
Chr2:45002021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795402.1
252 aa
N
1
126
252
Med26
C
PF08711 Med26 103-153 aa
XP_057795403.1
252 aa
N
1
126
252
Med26
C
PF08711 Med26 103-153 aa
XP_057795404.1
243 aa
N
1
122
243
Med26
C
PF08711 Med26 103-153 aa
XP_057795405.1
243 aa
N
1
122
243
Med26
C
PF08711 Med26 103-153 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795402.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 103 153 3.7e-14 53.0 TFIIS helical bundle-like domain
XP_057795403.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 103 153 3.7e-14 53.0 TFIIS helical bundle-like domain
XP_057795404.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 103 153 3.5e-14 53.1 TFIIS helical bundle-like domain
XP_057795405.1 Pfam PF08711 Med26 Domain 103 153 3.5e-14 53.1 TFIIS helical bundle-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097063.1
TGAAACTGCCACTGCTATTTCTTTCTACTACTTAAATAAATAAAAATTGAAATAATTTCCCTGCCCAAAAACACTGTTAATTCCAACTTCATTCATTCCGAAATGAACAGGATTCTACCAACACATTTTTGGGATTTGTTCCTTTATCTCTTCTCCTCCAGCTAAAATTAACTTGAGATAAAATTTTGAAAAATCAGTTGCAGGAATTTGGTTTATGGATTTGAACGAGTTTCGCTCCGTCATGTCGGATTCCGGCATTG...
XR_009097062.1
TGAAACTGCCACTGCTATTTCTTTCTACTACTTAAATAAATAAAAATTGAAATAATTTCCCTGCCCAAAAACACTGTTAATTCCAACTTCATTCATTCCGAAATGAACAGGATTCTACCAACACATTTTTGGGATTTGTTCCTTTATCTCTTCTCCTCCAGCTAAAATTAACTTGAGATAAAATTTTGAAAAATCAGTTGCAGGAATTTGGTTTATGGATTTGAACGAGTTTCGCTCCGTCATGTCGGATTCCGGCATTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131011645
ATGGATTTGAACGAGTTTCGCTCCGTCATGTCGGATTCCGGCATTGATGTCTGGACTTGGATCGATATGGCGATATCCGTGGCGTCTGCTGATCATGAAATCGAGCTCCGGAATCGCAGAGATGGAATTGTTCAGAAGCTCTTTGCATCGCCATGTGAGAATTGTGTGAAGAGGAATGAGAGTGATCAGCAAAATCATCAAGGAATCCAACCAGATAAAAATGTGGAACACGATGATGAGCACAAGAAGATTCTAGAAAT...
LOC131011645
ATGGATTTGAACGAGTTTCGCTCCGTCATGTCGGATTCCGGCATTGATGTCTGGACTTGGATCGATATGGCGATATCCGTGGCGTCTGCTGATCATGAAATCGAGCTCCGGAATCGCAGAGATGGAATTGTTCAGAAGCTCTTTGCATCGCCATGTGAGAATTGTGTGAAGAGGAATGAGAGTGATCAGCAAAATCATCAAGGAATCCAACCAGATAAAAATGTGGAACACGATGATGAGCACAAGAAGATTCTAGAAAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057795402.1
MDLNEFRSVMSDSGIDVWTWIDMAISVASADHEIELRNRRDGIVQKLFASPCENCVKRNESDQQNHQGIQPDKNVEHDDEHKKILEIKNLLDDHSQNEKSMIELLQRLLDMNTTFTTLKETEIGKHVTKLRKHSSNEVRRLVKVLVRKWRDTVDEWVRQNTPIEEEATEFNDQASYLFAKDDARIHNSVKDVSCHSTPPKRKAKDNGIILNDEDYQESQYAKKQRRPQVMDIPKFKNSIVRNNGSSIPIKYR
XP_057795403.1
MDLNEFRSVMSDSGIDVWTWIDMAISVASADHEIELRNRRDGIVQKLFASPCENCVKRNESDQQNHQGIQPDKNVEHDDEHKKILEIKNLLDDHSQNEKSMIELLQRLLDMNTTFTTLKETEIGKHVTKLRKHSSNEVRRLVKVLVRKWRDTVDEWVRQNTPIEEEATEFNDQASYLFAKDDARIHNSVKDVSCHSTPPKRKAKDNGIILNDEDYQESQYAKKQRRPQVMDIPKFKNSIVRNNGSSIPIKYR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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