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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002591

染色体: Chr02 坐标: 45059177-45060382 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002591
名称SmilChr02G002591
描述UPF0496 protein At3g49070-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向45059177 - 45060382 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011646
GeneID131011646
locus_tag-
NCBI NameLOC131011646
原始查询SmilChr02G002591

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述UPF0496 protein At3g49070-like
产物UPF0496 protein At3g49070-like
ArabidopsisAT3G49070 (AT3G49070)
transmembrane protein, putative (DUF677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824069]
identity=36; qcov=1.03; evalue=1.16e-32; confidence=medium
RiceOs03g0148000
-
identity=27.6; qcov=1.29; evalue=2.31e-23; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011646

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795406.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795406.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057795406.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795406.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795406.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:45059490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B85,C72
Chr2:45059493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,C76
Chr2:45059645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:45059961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B122
Chr2:45060001 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C8
Chr2:45060001 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C8
Chr2:45060231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,C25,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939423.1
TATTTTTATTAATACACCCACTTTTAACATAAGCCACATCTTAATTAATTACACCTCTCATCATCCTTCAACAATCAACATCTCTCTCTCTCTCATACACACGCACAATACTAGACAGTTAATTAATTTCCTCAAGTAAATGACGTGATATATATGTATACCTCAAATTGCATGCTTTCATCCTAGCTTTTCCTCCTTTGACACACTAGAAATTTTAGGAAACAACCAAAAATTCTCCAACAATTAAAGGTTTCCTACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011646
ATGAAGGTGAACGTGAACGACGAGTATCTGTGCGCGGTGAGGACAAAATCCTTCGCAGATTTCTTCATACAAGCGCAACTCCTCGTAAACCATTCTCATCCCTCCATTAATCTCCTCCTCAATCCGCCCCAGGAAACCATCGCCTCGCTCCTCAAGTCATCGCCTCATCTCAACTCAATCCTCTCCGACTACTTCAACATCAGCGCCGAAGCCTCCGCCCTCTGCGCCGCCCTCCTCCAAACCCTAATCCACCTCCAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795406.1
MKVNVNDEYLCAVRTKSFADFFIQAQLLVNHSHPSINLLLNPPQETIASLLKSSPHLNSILSDYFNISAEASALCAALLQTLIHLQTNYRSINQIINSRHHEFLQLAVSGLLDNPFADLNGQNYFQKIHDKHSRVLKRLRKKMAGKLRMIEFLFSGMRRFGVFKRGSVTRRAADVAAKGAWILKRDFDTMGRLVARIGDEIEHSRAMMEVCLDRDCLEVLKECEFGVSRQAEELEEHVYLCLLTINRARAMVVREICRNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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