当前解析结果
SmilChr02G002595| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002595 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002595 |
| 描述 | protein PHLOEM UNLOADING MODULATOR-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 45100662 - 45103349 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011651 |
|---|---|
| GeneID | 131011651 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011651 |
| 原始查询 | SmilChr02G002595 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein PHLOEM UNLOADING MODULATOR-like |
| 产物 | protein PHLOEM UNLOADING MODULATOR-like |
| Arabidopsis | AT1G43580 (AT1G43580)Sphingomyelin synthetase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840942] identity=68.2; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0423700 (Asr6)- identity=66.5; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0000139 (Golgi membrane); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0033188 (sphingomyelin synthase activity); GO:0046513 (ceramide biosynthetic process); GO:0047493 (ceramide cholinephosphotransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14360 (PAP2_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011651 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057795411.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057795411.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057795411.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795411.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795411.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:45102866 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A24 |
Chr2:45103047 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr2:45103058 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B26,B51,C67,C76,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795411.1PF14360
PAP2_C 281-347 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795411.1 |
Pfam | PF14360 |
PAP2_C | Domain | 281 | 347 | 7.5e-15 | 56.0 | PAP2 superfamily C-terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。