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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002595

染色体: Chr02 坐标: 45100662-45103349 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002595
名称SmilChr02G002595
描述protein PHLOEM UNLOADING MODULATOR-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向45100662 - 45103349 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011651
GeneID131011651
locus_tag-
NCBI NameLOC131011651
原始查询SmilChr02G002595

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PHLOEM UNLOADING MODULATOR-like
产物protein PHLOEM UNLOADING MODULATOR-like
ArabidopsisAT1G43580 (AT1G43580)
Sphingomyelin synthetase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840942]
identity=68.2; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0423700 (Asr6)
-
identity=66.5; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000139 (Golgi membrane); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0033188 (sphingomyelin synthase activity); GO:0046513 (ceramide biosynthetic process); GO:0047493 (ceramide cholinephosphotransferase activity)
KEGG-
PfamPF14360 (PAP2_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011651

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057795411.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057795411.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057795411.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795411.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795411.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:45102866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr2:45103047 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr2:45103058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B26,B51,C67,C76,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795411.1
433 aa
N
1
216
433
PAP2_C
C
PF14360 PAP2_C 281-347 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795411.1 Pfam PF14360 PAP2_C Domain 281 347 7.5e-15 56.0 PAP2 superfamily C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939428.1
TGTTTATCAACTTAAATGAGCTTTAGCTCACTAAACATATGATTGAGTTTGATCTCAAGTCTGTTAGGTATATTAGTAATTAGATAAAGTAGAATATTTGAACTTAAATTTTGGGAAGCTCTACTCTCTGCGTCTCCGACCACTGCACACCGCAACCGTAGATGCGCTCGCCGCCAATCTCCCAGCGGCGTCGCCGCTTAAGCTCCGCCGGGTTGGGGATCGCCGCAATAGCCTACGTTGGCGTAGACTACCTCCGCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011651
ATGCGCTCGCCGCCAATCTCCCAGCGGCGTCGCCGCTTAAGCTCCGCCGGGTTGGGGATCGCCGCAATAGCCTACGTTGGCGTAGACTACCTCCGCCACCTCTCGCCGCTGTGGCACGAGCGCCTGCAGCCAGCTCTCTGGGTGGCTCTCGCGATCGCCGCCCTAATTCGCGTCCCATTTTACAAGCATTGGTCGTTGGAGCTTCGGGCGGCTATACCGTTTATTCTGTCGATTCTTTTCATGCTTTCAGCCCTTCTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795411.1
MRSPPISQRRRRLSSAGLGIAAIAYVGVDYLRHLSPLWHERLQPALWVALAIAALIRVPFYKHWSLELRAAIPFILSILFMLSALLFEAISVRSVTAVLGLNWHNETPPLPDVGQWLLLALNEKLPQIMVDILRARIIGLHHYLMLFIMLGFSVLFNSVEAPGLGLGARYMFTMGVGRLLRAIAFISTILPSARPWCASARFQVPPHPHRWAQKYYVPYAKDSSAIRHIIHHDFAYAVTGEYDADFIPNWGAMNFLADFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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