当前解析结果
SmilChr02G002600| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002600 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002600 |
| 描述 | abscisic stress-ripening protein 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 45123648 - 45124607 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011654 |
|---|---|
| GeneID | 131011654 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011654 |
| 原始查询 | SmilChr02G002600 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | abscisic stress-ripening protein 5-like |
| 产物 | abscisic stress-ripening protein 5-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os01g0959100 (Asr3)- identity=49.1; qcov=0.424; evalue=3.93e-11; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02496 (ABA_WDS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011654 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057795416.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795416.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795416.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795416.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057795416.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:45123867 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C24,C54 |
Chr2:45123929 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr2:45123978 |
AT |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B114,B85,C72 |
Chr2:45123980 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C34 |
Chr2:45123980 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C34 |
Chr2:45123981 |
GAA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D7 |
Chr2:45123981 |
GAA |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr2:45124009 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 20 | A14,A19,A9,B12,B136,B138,B37,B46,B49,B60,B79,B90,B92,B98,C21,C26,C54,C61,C73,D1 |
Chr2:45124196 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C50,C76 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795416.1PF02496
ABA_WDS 56-131 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795416.1 |
Pfam | PF02496 |
ABA_WDS | Family | 56 | 131 | 1.2e-26 | 93.8 | ABA/WDS induced protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。