当前解析结果
SmilChr02G002619| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002619 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002619 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G002619 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 45500653 - 45503838 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009598 |
|---|---|
| GeneID | 131009598 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009598 |
| 原始查询 | SmilChr02G002619 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | ATMG00860- identity=26.2; qcov=0.14; evalue=3.46e-10; confidence=weak |
| Rice | Os08g0202300- identity=29.3; qcov=0.357; evalue=6.17e-53; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009598 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057792996.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057792996.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792996.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792996.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792996.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:45500667 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C53 |
Chr2:45500670 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B20,B45,B64,B93,C4 |
Chr2:45500746 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C34,C56 |
Chr2:45500760 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B72,C86 |
Chr2:45500777 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B134,B65,B77 |
Chr2:45500788 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr2:45500800 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B15 |
Chr2:45500838 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,A4,B40,B50,C42 |
Chr2:45500861 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A24 |
Chr2:45500863 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B126,C12,C38 |
Chr2:45500869 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr2:45500871 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B111,C1,C79 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792996.1PF00078
RVT_1 350-510 aa
PF17919
RT_RNaseH_2 573-671 aa
PF17917
RT_RNaseH 603-700 aa
PF13456
RVT_3 735-852 aa
PF17921
Integrase_H2C2 944-994 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792996.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 350 | 510 | 1.5e-29 | 104.1 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057792996.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 573 | 671 | 1.8e-16 | 60.7 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057792996.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 603 | 700 | 6.1e-10 | 39.9 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057792996.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 735 | 852 | 5.5e-15 | 56.1 | Reverse transcriptase-like |
XP_057792996.1 |
Pfam | PF17921 |
Integrase_H2C2 | Domain | 944 | 994 | 1.3e-08 | 35.6 | Integrase zinc binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。