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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002639

染色体: Chr02 坐标: 45794741-45798763 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002639
名称SmilChr02G002639
描述protein LAZ1 homolog 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向45794741 - 45798763 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011682
GeneID131011682
locus_tag-
NCBI NameLOC131011682
原始查询SmilChr02G002639

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LAZ1 homolog 1-like
产物protein LAZ1 homolog 1-like
ArabidopsisAT1G77220 (AT1G77220)
organic solute transporter ostalpha protein (DUF300) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844058]
identity=68; qcov=0.942; evalue=3.95e-156; confidence=high
RiceOs05g0516900
-
identity=63.9; qcov=0.938; evalue=1.9e-143; confidence=high
GOGO:0005215 (transporter activity); GO:0006810 (transport)
KEGG-
PfamPF03619 (Solute_trans_a)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011682

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057795453.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057795453.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057795452.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057795453.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795453.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:45795233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr2:45795270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B113
Chr2:45795310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B113,B50,C18
Chr2:45795355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr2:45795393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:45795675 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B21,C58
Chr2:45795952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,C76
Chr2:45796005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr2:45796023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B138,B25,B44
Chr2:45796073 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,C76
Chr2:45796079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr2:45796106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B115,B55,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795452.1
446 aa
N
1
223
446
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-321 aa
XP_057795453.1
325 aa
N
1
162
325
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-306 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795452.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 321 9.6e-88 294.7 Organic solute transporter Ostalpha
XP_057795453.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 306 9.7e-82 275.0 Organic solute transporter Ostalpha

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939469.1
TAGAATTTCTCATTTTCGAAATGAGTTATGCAATTGATTTCGTTCCCAGCCGTTCAAACGAAGATCAATGTATGATAACGCGAACCATTGCATTTCAAGAGAAAAATTTTATCCAGCTCAATTTCATGCATCCTGAAATAAAAGGAAACGATTCTATATATTTCTAAAAAGAAATTAAATAGATTCGTGGAGCTATTTATATCAAGGAAAATCGGTTATTGCTTGATGTGGTCAGGCATTACTTGGAAAATATAGATGAT...
XM_057939470.1
TAGAATTTCTCATTTTCGAAATGAGTTATGCAATTGATTTCGTTCCCAGCCGTTCAAACGAAGATCAATGTATGATAACGCGAACCATTGCATTTCAAGAGAAAAATTTTATCCAGCTCAATTTCATGCATCCTGAAATAAAAGGAAACGATTCTATATATTTCTAAAAAGAAATTAAATAGATTCGTGGAGCTATTTATATCAAGGAAAATCGGTTATTGCTTGATGTGGTCAGGCATTACTTGGAAAATATAGATGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131011682
ATGGGGTGGAAGGTGGTTTTACTGTCGTTGCTACAAATTGCCACTTTGGTTGATGCTATGAGCAGGTCAGAGAGATTTTGGTCTGTGGATATGTATGTAGGAACTTCAGCCCTCCACAGTTGGATAGTTAGCAGTGCAGCCATATTTGTATTGGTGGCTCTCATTCTATCGATGTACTTAATCTTCGATCATTTAATTGCCTACAACCAGCCAGAGGAGCAAAAGTTCTTGGTTGGACTCATTCTAATGGTCCCCGTATA...
LOC131011682
ATGGGGTGGAAGGTGGTTTTACTGTCGTTGCTACAAATTGCCACTTTGGTTGATGCTATGAGCAGGTCAGAGAGATTTTGGTCTGTGGATATGTATGTAGGAACTTCAGCCCTCCACAGTTGGATAGTTAGCAGTGCAGCCATATTTGTATTGGTGGCTCTCATTCTATCGATGTACTTAATCTTCGATCATTTAATTGCCTACAACCAGCCAGAGGAGCAAAAGTTCTTGGTTGGACTCATTCTAATGGTCCCCGTATA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057795452.1
MGWKVVLLSLLQIATLVDAMSRSERFWSVDMYVGTSALHSWIVSSAAIFVLVALILSMYLIFDHLIAYNQPEEQKFLVGLILMVPVYAVESFLSLLDSELAFTCEILRDCYEAFALYCFERYLIACLGGEESSIKFMEGQSLVTSYLPLVDDIYAYGIVRHPFPLNCFLRDWKLGSEFYQAVKIGIVQYMILKMICALLAMIFESLGVYGEGKFEWGYAYPYLAVVLNFCQTWALYCLVQFYSVTKNKLAPIKPLAKFLT...
XP_057795453.1
MGWKVVLLSLLQIATLVDAMSRSERFWSVDMYVGTSALHSWIVSSAAIFVLVALILSMYLIFDHLIAYNQPEEQKFLVGLILMVPVYAVESFLSLLDSELAFTCEILRDCYEAFALYCFERYLIACLGGEESSIKFMEGQSLVTSYLPLVDDIYAYGIVRHPFPLNCFLRDWKLGSEFYQAVKIGIVQYMILKMICALLAMIFESLGVYGEGKFEWGYAYPYLAVVLNFCQTWALYCLVQFYSVTKNKLAPIKPLAKFLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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