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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002644

染色体: Chr02 坐标: 45834273-45835559 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002644
名称SmilChr02G002644
描述abscisic stress-ripening protein 5-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向45834273 - 45835559 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011687
GeneID131011687
locus_tag-
NCBI NameLOC131011687
原始查询SmilChr02G002644

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述abscisic stress-ripening protein 5-like
产物abscisic stress-ripening protein 5-like
Arabidopsis-
-
RiceOs01g0959100 (Asr3)
-
identity=50; qcov=0.432; evalue=1.12e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF02496 (ABA_WDS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011687

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795459.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795459.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795459.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795459.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795459.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:45834732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C54
Chr2:45834784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,C54,C58
Chr2:45834788 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C58
Chr2:45834856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:45834862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,C12,D6
Chr2:45834897 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B112,C34
Chr2:45834897 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 B112,C34
Chr2:45834898 GAA * 2bp_deletion CDS_variant 2 B112,C34
Chr2:45834926 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 2 A19,B79
Chr2:45834926 A AC 1bp_insertion CDS_variant 2 A19,B79
Chr2:45835192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr2:45835195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795459.1
139 aa
N
1
70
139
ABA_WDS
C
PF02496 ABA_WDS 56-131 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795459.1 Pfam PF02496 ABA_WDS Family 56 131 4.7e-26 91.8 ABA/WDS induced protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939476.1
TAAACTCAAAACGTGTGGGACTTCAACACCAAACAATATAATACAATAACAATACATCACCATATAAAGTGGAAAAATATCACCGCACGCAGGCGAAATTGAACCTAAAACTTTTCACAAAAAAAGATCTTTGAGTGCCTTCGCTTTGCCGCTAGAGCAATGCCTCGTTGACTTTCCTAGAATAAGGACTTCTAATTAGGGTCCAGTTGCTATCTCGGGTAGATAGAAAAAATATAGCAAAATCTCAACTGTTAATTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011687
ATGGCCGAGGAGAAGCACCGCCACCACCACCACCGCCACATGGAGGAGGAGGAGCCCGTCGAGGCGGCGACGTACTCGGAAACCGCCTATACCATCGACGGCCCCGAGCAGTACACGAAGACCGAAAGCTACGCCGTCGTTGATCAGAACAATGGGTATGAGAAATTTGAGAAAGAAGAGAAGCAGCACAAGCGCAAAGAGCACCTCGCCGAGATAGAGGCCATGGCCGCCACCGGTATTGCCTTATATGAGAAGCGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795459.1
MAEEKHRHHHHRHMEEEEPVEAATYSETAYTIDGPEQYTKTESYAVVDQNNGYEKFEKEEKQHKRKEHLAEIEAMAATGIALYEKREAKKDPQNEHRHKIEEEIAAAAAVGGGGYAFYEKKEAKEEEERAEGKKHRHFF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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