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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002649

染色体: Chr02 坐标: 45900759-45903568 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002649
名称SmilChr02G002649
描述early nodulin-like protein 3
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向45900759 - 45903568 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011691
GeneID131011691
locus_tag-
NCBI NameLOC131011691
原始查询SmilChr02G002649

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述early nodulin-like protein 3
产物early nodulin-like protein 3
ArabidopsisAT1G21090 (AT1G21090)
Cupredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838705]
identity=49.3; qcov=1; evalue=2.63e-65; confidence=high
RiceOs01g0963800
-
identity=57.9; qcov=0.177; evalue=1.48e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011691

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057795467.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795467.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795467.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795467.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795467.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:45901259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B53,C82,D9
Chr2:45901636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B7,B93,C2,D4
Chr2:45901647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:45901685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr2:45901722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr2:45901744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr2:45901836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939484.1
ATTTTAGAATGATAATGCCCATCATCAGTATCAAATCCCACCACAAATAAATGCTCTTTCCCCTCATTCTTTATACATATTTTTACTTTGGAGAAACTATTTTTACAATGACAAAATCATTCCAACTTTTACTGTGAAAAATATACATTGTTCCTCACTAATTTAATTTATACACACTCTCCCATCTCTGTTCACCATTCAAACTCCTTTAGTTCTGAAAAGCCCAACACTTCTGACAACTCACACACACACACACTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011691
ATGGTTTTCTCCTACATTTTGATCCTCGTATTTTCTGTGCAACTACTTCAAATCTCAGAGTCTGCAACAGTTGTGGTTGACGGAGTATCAGAGTGGAAAAATCCAGAGCTTCAAATAGGAGATTGTGTCATTTTCCAGCACAAATATCACTACAGCCTCTACATTTTCAAGAACCAAGAAGCTTTCTCTCTCTGCAACTTCACTCAAGCCACAATCTTGACAAACCCCAACTCCTCAGTTTACACTTGGCGCACATCACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795467.1
MVFSYILILVFSVQLLQISESATVVVDGVSEWKNPELQIGDCVIFQHKYHYSLYIFKNQEAFSLCNFTQATILTNPNSSVYTWRTSRPGFFYFSFYNGSKQACLEGEKLAVKVTSAAEAPTPPPTSGGYVASSPAFPWPFQPRDGAPPPSAAPGPVAPEREGIPFINSNPAVPLPTGEVDTATIRPLPTSAHQQSKQVLGVERAVSCVILLLMMV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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