Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002650`

染色体: Chr02 坐标: 45914689-45916819 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002650`
名称	SmilChr02G002650
描述	protein ROH1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	45914689 - 45916819 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011692`
GeneID	`131011692`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011692`
原始查询	`SmilChr02G002650`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ROH1-like
产物	protein ROH1-like
Arabidopsis	`AT1G18740` (AT1G18740) ROH1, putative (DUF793) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838456] identity=61.4; qcov=1; evalue=1.36e-165; confidence=high
Rice	`Os12g0164600` (OsSTA274) - identity=44.5; qcov=1.08; evalue=6.19e-93; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05633 (ROH1-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011692

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057795468.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057795468.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057795468.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057795468.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795468.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:45915035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,C68
`Chr2:45915043`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B7,B93,C2,D4
`Chr2:45915244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr2:45915276`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795468.1

390 aa

195

390

ROH1-like

PF05633 ROH1-like 14-383 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795468.1`	Pfam	`PF05633`	ROH1-like	Family	14	383	6.4e-151	503.5	Protein ROH1-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939485.1
AAAAAACATTCTTTCCGCCCAATCACAGTCACACCCAATTTCGGTTTCACTTTTCATTGAAACGAATATACATTTTGTTTTGTGAGAATTCACGAGATTAATTACCACTAATTACAGCGTATGTCTTAATCCTTTCTTCATCCACTATTTAAAGTTCGTTAAAATCTGTGAAGCCGATCAGACTTTTTGAATGTCTGAATATTCTTTCCCATAATACGCGGTCCAAATCACCCCCAATATAAGGTCTTTCCTCATTTAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011692
ATGCCATCAACAGATTTTCAAGAGTCGTCTTCATCCCCATCGAGCTTCAATTTGTCGATCCTGAGCCGGAGGCGCGATCAGGTGCACTCGATGGATTCCCCTCCGCTGGAATCTAACGGGCAGCAATCCGACCTGGAGGCGTTCCAGCGCACAGTGGCGGAGCGCTTCCAGGACTTGGCCGCAGCGCCCTCGGAGGAGCTCCTCTCGATCCCATGGATCCGCAAGCTCCTCGACACATTCCTCTGCGTCCATGAAGAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795468.1
MPSTDFQESSSSPSSFNLSILSRRRDQVHSMDSPPLESNGQQSDLEAFQRTVAERFQDLAAAPSEELLSIPWIRKLLDTFLCVHEEFRLIVFNHKSSLAKPPMDKYITDFFERSVKALDVCNAIRDGIEQIRHWQKQLEIVLCALDNQRSIGEGQFRRAKKALIDLTIAMLDERDSNTTVSHRNRSFGRQSNSRAEPRSMANFRSLSWSVSRTWSAARQLQAISSNLAPPRGNEISATNGLNVGVFTMSYVLLFVMWALV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器