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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002657

染色体: Chr02 坐标: 46011853-46013394 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002657
名称SmilChr02G002657
描述protein MITOFERRINLIKE 1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向46011853 - 46013394 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011699
GeneID131011699
locus_tag-
NCBI NameLOC131011699
原始查询SmilChr02G002657

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein MITOFERRINLIKE 1, chloroplastic
产物protein MITOFERRINLIKE 1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G42130 (Mfl1)
Mitochondrial substrate carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834218]
identity=68.7; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0964900 (P0458E05.12)
-
identity=58.8; qcov=0.666; evalue=2.54e-100; confidence=high
GOGO:0000095 (S-adenosyl-L-methionine transmembrane transporter activity); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011699

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057795475.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057795475.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.80000 XP_057795475.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.40000 XP_057795475.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795475.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:46012270 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B130
Chr2:46012270 G GCC 2bp_insertion CDS_variant 1 B130
Chr2:46012429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B108,B5
Chr2:46012457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr2:46012561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr2:46012921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B5,C48,C54,C87
Chr2:46013074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr2:46013186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr2:46013226 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 63 A10,A13,A18,B10,B104,B105,B108,B109,B112,B115,B118,B119,B120,B123,B126,B134,B137,B139,B14,B16,B21,B26,B28,B33,B34,B4,B61,B62,B64,B66,B68,B69,B75,B78,B81,B82,B83,B87,B97,C11,C12,C16,C17,C20,C21,C23,C26,C3,C35,C37,C38,C39,C40,C42,C43,C45,C57,C63,C69,C82,C9,D4,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795475.1
416 aa
N
1
208
416
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 116-198 aa PF00153 Mito_carr 211-289 aa PF00153 Mito_carr 296-392 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795475.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 116 198 1.5e-55 185.6 Mitochondrial carrier protein
XP_057795475.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 211 289 1.5e-55 185.6 Mitochondrial carrier protein
XP_057795475.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 296 392 1.5e-55 185.6 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939492.1
ATGGAAACTTCGACCCCAAATGCTCTCATCCTTCTCTGCCCAAATTCACACACTCTCACCGATTTCAATTCATCCTTCAACCATCTCAACACCCTCATTTCCTCCTCACCTCTCCACTTATACAGTCCCAATCCCACCGCACCCGCACCCGCACCCGCACCCGCACGCAAGGTGTTCGCTAAAATTCCCAAACCAAGACTGAGTTTCTCATCCACCACACTTTCCAATCAGGAGCTCGCACAAAAACCAGAAAAACGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011699
ATGGAAACTTCGACCCCAAATGCTCTCATCCTTCTCTGCCCAAATTCACACACTCTCACCGATTTCAATTCATCCTTCAACCATCTCAACACCCTCATTTCCTCCTCACCTCTCCACTTATACAGTCCCAATCCCACCGCACCCGCACCCGCACCCGCACCCGCACGCAAGGTGTTCGCTAAAATTCCCAAACCAAGACTGAGTTTCTCATCCACCACACTTTCCAATCAGGAGCTCGCACAAAAACCAGAAAAACGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795475.1
METSTPNALILLCPNSHTLTDFNSSFNHLNTLISSSPLHLYSPNPTAPAPAPAPARKVFAKIPKPRLSFSSTTLSNQELAQKPEKRNWFKPAARGSPAAQALFKNLSTLERAIIGAAAGGIAGAFTYVCLHPLDTVKTKLQTKGASEIYKGAFDVIAKTFQSKGILGFYSGVSAVIVGSTFSSAVYFGTCEFGKSFLSKCGSYPLLLIPPTAGAMGNVVSSAIMVPKELITQRMQAGAKGRSWEVLLRILEKDGILGLYA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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