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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002669

染色体: Chr02 坐标: 46195215-46207598 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002669
名称SmilChr02G002669
描述serine/threonine-protein kinase STY8-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向46195215 - 46207598 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011705
GeneID131011705
locus_tag-
NCBI NameLOC131011705
原始查询SmilChr02G002669

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase STY8-like
产物serine/threonine-protein kinase STY8-like
ArabidopsisAT4G38470 (STY46)
ACT-like protein tyrosine kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830003]
identity=51; qcov=0.946; evalue=7.53e-175; confidence=high
RiceOs12g0163800 (OsACTPK6)
-
identity=61; qcov=0.923; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF01842 (ACT); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011705

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057795485.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057795485.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057795485.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795485.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795485.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:46195719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr2:46195720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr2:46197134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,C22,C74
Chr2:46198202 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:46204776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B74,C26,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795485.1
559 aa
N
1
280
559
ACT
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF01842 ACT 193-239 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 294-541 aa PF00069 Pkinase 296-538 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795485.1 Pfam PF01842 ACT Domain 193 239 1.1e-07 32.3 ACT domain
XP_057795485.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 294 541 1.3e-73 248.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057795485.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 296 538 9.2e-57 193.1 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939502.1
CCACTCCCATTCCCCTTTTTACTCCGAAGCCCCACCTCTCTCTCTCACACACACGCTTCCCTCTTTCTCTCTCACACACACATATTGTAGTGAAATTGAGCAGGTAGTAGTCAGTCGCCTCTCCTAGTCTTTATCTGAAAAACCAAAACTGACATTCTTCAAGCCAACAAGTTTGGAAAATTTTCTCTCTTATCACAGAACAGTTCTCTTCCGACAAATCCTCTGTCTGCTACAGTAATGGCGGACCAATTTACCCCTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011705
ATGGAATTCGCCGAGGAAGTAGGGGAGAGCTCGTCGCCGCCTCGGAGCTACGGCAGCTTCGGAGGCGGCCCAAGCGCCGGAGGAGGAAATAACGATGTGATCAGGAATGATGTTTACAATCGCCTCATTGAGAATGGAAATGAGGAGGCGATTACTAATCCTGCTTTCCTCGAGCAGTTGGAAGCTCATTTTAATCGCTTGCCTACAAGTTATGGGCTGGATATCAATATGGAAAAAGTGGAAGATGTGTTGTTACATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795485.1
MEFAEEVGESSSPPRSYGSFGGGPSAGGGNNDVIRNDVYNRLIENGNEEAITNPAFLEQLEAHFNRLPTSYGLDINMEKVEDVLLHQKLLASAKNPDNQPVFHIRFLENVCTRDDDLDGEQISSALPSSFPRDSVNNGVHSSNGRDSGGDYETCSKLEDLNLDVRKDSNDVNREIPADNFTQREEASCLPIHEIIFSTLDKPKLLSQLSALLSDAGLNIREAHVFSTTDGYSLDVFVVDGWHSEDTEGLYNMMRKAIAES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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