当前解析结果
SmilChr02G002669| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002669 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002669 |
| 描述 | serine/threonine-protein kinase STY8-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 46195215 - 46207598 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011705 |
|---|---|
| GeneID | 131011705 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011705 |
| 原始查询 | SmilChr02G002669 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine/threonine-protein kinase STY8-like |
| 产物 | serine/threonine-protein kinase STY8-like |
| Arabidopsis | AT4G38470 (STY46)ACT-like protein tyrosine kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830003] identity=51; qcov=0.946; evalue=7.53e-175; confidence=high |
| Rice | Os12g0163800 (OsACTPK6)- identity=61; qcov=0.923; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF01842 (ACT); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011705 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057795485.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057795485.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057795485.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795485.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795485.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:46195719 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr2:46195720 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr2:46197134 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,C22,C74 |
Chr2:46198202 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr2:46204776 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B74,C26,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795485.1PF01842
ACT 193-239 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 294-541 aa
PF00069
Pkinase 296-538 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795485.1 |
Pfam | PF01842 |
ACT | Domain | 193 | 239 | 1.1e-07 | 32.3 | ACT domain |
XP_057795485.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 294 | 541 | 1.3e-73 | 248.2 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
XP_057795485.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 296 | 538 | 9.2e-57 | 193.1 | Protein kinase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。