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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002675

染色体: Chr02 坐标: 46342933-46343594 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002675
名称SmilChr02G002675
描述uncharacterized SmilChr02G002675
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向46342933 - 46343594 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009615
GeneID131009615
locus_tag-
NCBI NameLOC131009615
原始查询SmilChr02G002675

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0643433
-
identity=31.3; qcov=0.995; evalue=7.2e-18; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009615

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057793013.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057793013.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057793013.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793013.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793013.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:46342931 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr2:46342954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C52,C74
Chr2:46342971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr2:46342986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C71
Chr2:46342987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr2:46343000 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 76 A19,A20,A9,B100,B105,B110,B111,B114,B117,B119,B12,B122,B127,B130,B134,B136,B137,B138,B19,B22,B25,B26,B27,B30,B37,B44,B46,B49,B56,B60,B61,B63,B68,B74,B79,B81,B84,B85,B87,B88,B9,B90,B92,B93,B98,C11,C2,C21,C24,C26,C31,C32,C33,C34,C51,C52,C54,C57,C61,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C71,C73,C75,C78,C8,C86,C87,C9,D5,D7,D8
Chr2:46343002 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 41 A20,A9,B100,B105,B110,B117,B119,B122,B130,B137,B22,B26,B27,B30,B46,B56,B61,B63,B68,B84,B87,B88,B9,B98,C11,C21,C24,C33,C52,C57,C65,C66,C69,C71,C75,C78,C8,C86,C87,D7,D8
Chr2:46343025 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 6 B100,B130,B27,C24,C52,C65
Chr2:46343027 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 6 B100,B130,B27,C24,C52,C65
Chr2:46343032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,B88,C34,C86
Chr2:46343046 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C78
Chr2:46343046 T TGA 2bp_insertion CDS_variant 1 C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937030.1
ATGGGATCGATTATATCGAACAGCCAAAGCGCTTTTGTGAAAGGCCGCTACAACCTTGATGGGGTGGTCATACTTAACGAATCAATCATGGAGGCGAAGAAGAAGAAAATGGGGAGAACTTTCTTCAAGATTGATTTTGCAAAGCACATGGAGAAAGTGGATGAAGGGGTGTTTGTCTTCAGCCTCGGAAAGTATACTGGTGAACGGGTCGTCTACCAAAGATTTCAAAATGGAGAGGGGATTGAGACAAGGAGATCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009615
ATGGGATCGATTATATCGAACAGCCAAAGCGCTTTTGTGAAAGGCCGCTACAACCTTGATGGGGTGGTCATACTTAACGAATCAATCATGGAGGCGAAGAAGAAGAAAATGGGGAGAACTTTCTTCAAGATTGATTTTGCAAAGCACATGGAGAAAGTGGATGAAGGGGTGTTTGTCTTCAGCCTCGGAAAGTATACTGGTGAACGGGTCGTCTACCAAAGATTTCAAAATGGAGAGGGGATTGAGACAAGGAGATCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793013.1
MGSIISNSQSAFVKGRYNLDGVVILNESIMEAKKKKMGRTFFKIDFAKHMEKVDEGVFVFSLGKYTGERVVYQRFQNGEGIETRRSNVSFLFLIIAEGLNALVERAIARELLVPAKIGNDKIQLALLQYADDTIFIVDPEERNVTAMRNILLLFQFMSGLAVNFEKSSLMGVGMAEERLRGGRRCLDVEWALSPLAISA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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