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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002679

染色体: Chr02 坐标: 46381363-46381773 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002679
名称SmilChr02G002679
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向46381363 - 46381773 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009617
GeneID131009617
locus_tag-
NCBI NameLOC131009617
原始查询SmilChr02G002679

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
ArabidopsisATMG00810
-
identity=35.6; qcov=0.662; evalue=1.14e-12; confidence=low
RiceOs11g0656500
-
identity=41; qcov=0.735; evalue=7.47e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009617

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057793014.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057793014.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793014.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793014.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793014.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:46381366 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B26
Chr2:46381402 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B105,B48,B69,B96,C18,C38,C71,C86
Chr2:46381407 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr2:46381434 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B21,B22,B45,B95
Chr2:46381442 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B21,B95
Chr2:46381442 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 2 B21,B95
Chr2:46381447 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 4 B118,B21,B22,B95
Chr2:46381447 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 4 B118,B21,B22,B95
Chr2:46381465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B22,B95
Chr2:46381473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B22,B95
Chr2:46381570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B73,C86
Chr2:46381571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,C13,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937031.1
ATGCATGAAGCTAAAAGTCTGGTGATTCCACTGTCTCAACAAGCCAAGTTTTTTGTTACTCAATGTCCTAAGACTGATGAAGAAATGAAGCAGATGCTTTCAGTGCCATACTCCAATGCAGTTGGATCAGTCATGTACATGATGATATGTACTAGACCAGATCTTGCTTATGCTATAAGTATCCTCAGTAGATACATGTCCAATCCAGGAAGAGAGCATTGGGAAGGATTAAAAGGAGTTCTCAGATACATTAAAGGGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009617
ATGCATGAAGCTAAAAGTCTGGTGATTCCACTGTCTCAACAAGCCAAGTTTTTTGTTACTCAATGTCCTAAGACTGATGAAGAAATGAAGCAGATGCTTTCAGTGCCATACTCCAATGCAGTTGGATCAGTCATGTACATGATGATATGTACTAGACCAGATCTTGCTTATGCTATAAGTATCCTCAGTAGATACATGTCCAATCCAGGAAGAGAGCATTGGGAAGGATTAAAAGGAGTTCTCAGATACATTAAAGGGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793014.1
MHEAKSLVIPLSQQAKFFVTQCPKTDEEMKQMLSVPYSNAVGSVMYMMICTRPDLAYAISILSRYMSNPGREHWEGLKGVLRYIKGSADCGLLFEKNGIFKGDPLRGYVDADYAANIDCRRSQTGYIFTLYGTAIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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