Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002682`

染色体: Chr02 坐标: 46465305-46469714 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002682`
名称	SmilChr02G002682
描述	uncharacterized SmilChr02G002682
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	46465305 - 46469714 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009618`
GeneID	`131009618`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009618`
原始查询	`SmilChr02G002682`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861]; symbol=AT2G13770; hit=AT2G13770; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861]; symbol=AT2G13770; hit=AT2G13770; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=35.5; qcov=0.974; evalue=9.47e-35; confidence=medium
Rice	`Os01g0872900` - identity=56.6; qcov=0.364; evalue=1.49e-28; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009618

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793016.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793016.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793016.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793016.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057793016.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:46465308`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B79,B84,C36,C43
`Chr2:46465311`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C74
`Chr2:46465329`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	40	A18,A19,A2,A20,B102,B105,B107,B117,B123,B136,B139,B15,B16,B17,B22,B24,B35,B36,B47,B53,B57,B60,B62,B64,B66,B82,B98,C1,C16,C35,C39,C45,C52,C61,C65,C67,C70,C78,C9,D4
`Chr2:46465346`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B139,B4,B97
`Chr2:46465357`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	A20,B79,B84,C36,C43
`Chr2:46465357`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	5	A20,B79,B84,C36,C43
`Chr2:46465358`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	18	A1,A13,A23,B100,B107,B120,B2,B21,B31,B41,B54,B92,C12,C32,C33,C60,C63,C85
`Chr2:46465361`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B102,B140,C39
`Chr2:46465374`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B108,B5,C43,D9
`Chr2:46465481`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,C14
`Chr2:46465482`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	19	A10,B118,B12,B136,B138,B37,B46,B49,B60,B79,B90,B98,C21,C26,C54,C61,C73,C82,D4
`Chr2:46465483`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C43,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793016.1

272 aa

136

272

DUF8418

Plant_tran

PF28509 DUF8418 40-69 aa PF04827 Plant_tran 120-220 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793016.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	40	69	1.1e-12	48.1	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057793016.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	120	220	2.2e-32	113.0	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937033.1
ATGGACGAGATAGAGTTGCACAAACAATTGATGTCTCAAATCTACTCCCAATGGGCGCGGGAGCCGGAACGTGTTAGACATCTCCGGTCTTACGTCCACCGTGATCGTGAGGATATTCATTTATGTCTTATGCAAGACTACTTCAACGACAATCCGACGTACGGGCCTACAGTTTTCCGACATCGTTTTCGAATGCAGAAGGAGCTGAAGCTGTTCAAGAAATGCACGGCGGCTATCCGCCTATTAGCCACCGGCGTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009618
ATGGACGAGATAGAGTTGCACAAACAATTGATGTCTCAAATCTACTCCCAATGGGCGCGGGAGCCGGAACGTGTTAGACATCTCCGGTCTTACGTCCACCGTGATCGTGAGGATATTCATTTATGTCTTATGCAAGACTACTTCAACGACAATCCGACGTACGGGCCTACAGTTTTCCGACATCGTTTTCGAATGCAGAAGGAGCTGAAGCTGTTCAAGAAATGCACGGCGGCTATCCGCCTATTAGCCACCGGCGTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793016.1
MDEIELHKQLMSQIYSQWAREPERVRHLRSYVHRDREDIHLCLMQDYFNDNPTYGPTVFRHRFRMQKELKLFKKCTAAIRLLATGVNADTFDEYLKVADTTRRLCLKRFCKAVIQAYRDNSNNDINVLNQSLLFSDVLDGTAAPVIFEANRRYYQMGYYLCDDIYTEWRCFVKSPPMAINPKEARFKKMQELARKDVERAFGVLQARWGIIRSPSRNWWKHGEDGGFRGWIYLEVLAEYSNKSPLLFAFAAARWRRSVKC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器