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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002684

染色体: Chr02 坐标: 46492875-46499303 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002684
名称SmilChr02G002684
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g61360
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向46492875 - 46499303 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011718
GeneID131011718
locus_tag-
NCBI NameLOC131011718
原始查询SmilChr02G002684

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g61360
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g61360
ArabidopsisAT3G61360 (AT3G61360)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825308]
identity=60.1; qcov=0.905; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0694600
-
identity=44.3; qcov=0.742; evalue=8.64e-117; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011718

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057795503.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795503.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795503.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795503.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795503.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:46496908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:46496953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:46497018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B139,B4,B97
Chr2:46497028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,D9
Chr2:46497190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:46497381 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:46497596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:46497709 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B108,B5
Chr2:46498021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:46498186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B46,B80,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795503.1
496 aa
N
1
248
496
PPR
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
C
PF01535 PPR 182-205 aa PF13041 PPR_2 211-260 aa PF01535 PPR 215-244 aa PF23276 TPR_24 241-341 aa PF12854 PPR_1 242-275 aa PF13041 PPR_2 246-292 aa PF01535 PPR 249-279 aa PF13812 PPR_3 269-327 aa PF01535 PPR 286-312 aa PF13812 PPR_3 305-364 aa PF13041 PPR_2 316-364 aa PF01535 PPR 320-349 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795503.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 182 205 5e-33 111.7 PPR repeat
XP_057795503.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 211 260 1.2e-51 173.2 PPR repeat family
XP_057795503.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 215 244 5e-33 111.7 PPR repeat
XP_057795503.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 241 341 5.6e-15 56.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057795503.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 242 275 6.2e-27 93.8 PPR repeat
XP_057795503.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 246 292 1.2e-51 173.2 PPR repeat family
XP_057795503.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 249 279 5e-33 111.7 PPR repeat
XP_057795503.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 269 327 2.5e-19 69.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057795503.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 286 312 5e-33 111.7 PPR repeat
XP_057795503.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 305 364 2.5e-19 69.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057795503.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 316 364 1.2e-51 173.2 PPR repeat family
XP_057795503.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 320 349 5e-33 111.7 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097094.1
AAATTAAGTATTTAGTAATCTAATCTGCAGTTCGAGAATACCCTTCCCAGACCCCCGGCCGCTGACGCCGTCCGCCGCTGCCCTCCGTCCGCCGCCGCAAGTCTCCGGTGCCGCTGCCCTTCTGCGCGACGTCCGCTGCCCTCCGCAAGTCGCCAGGCTCCAGTCCGCCACGAGCCGCCCCGCCGCTTCGCCGTCCGTCCGCCGGCCGCAACTCACGCACACGGTTCTGGAGCTTCGCAGATTCGAGTTAATTGGATAAA...
XR_009097091.1
TCTAATCTGCAGTTCGAGAATACCCTTCCCAGACCCCCGGCCGCTGACGCCGTCCGCCGCTGCCCTCCGTCCGCCGCCGCAAGTCTCCGGTGCCGCTGCCCTTCTGCGCGACGTCCGCTGCCCTCCGCAAGTCGCCAGGCTCCAGTCCGCCACGAGCCGCCCCGCCGCTTCGCCGTCCGTCCGCCGGCCGCAACTCACGCACACGCCTACTGATTTTGAATTGCCATCTTGAAATCTTGAGGTATTTGTGCTGAGTGTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011718
ATGATGCTTCTCACAGGCAGAAATTGTAGAATTAATCAACATTTCAATATCTATCAGAGGCTGAGTGTTGCCTTGTTTTGTTCCTCTATGGAAAAGGGCGCAGAAATTGAAAGAGTTGTGAGAATGATTAGTGAGCATCCTTTTCCAGATCAGCCACTACGTCCCACTCTACAATGCCAAATTCCCCCGGCTGCCTTGTCAACCCCGTTTGTTGAAAACGTGCTAGGTAGCTTGTTTGGTGCCCATACCAATGGCCTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795503.1
MMLLTGRNCRINQHFNIYQRLSVALFCSSMEKGAEIERVVRMISEHPFPDQPLRPTLQCQIPPAALSTPFVENVLGSLFGAHTNGLKAYEFFKYCLDCKLYVPSSGAFDKTLHILARMRYLHKAWELLESIKRSHPSLLTLKSMSIMLSRIAKSQSYEVTLEAFEKMEKYIFRGKKFGTNEFNVLLQAFCTQRQMKEARSVFHKLHPRFPPNTKTMNILLLGFKESGDITAVELFHHEMIRRGFKPNSVTYNIRIDVYCK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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