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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002685

染色体: Chr02 坐标: 46492953-46495890 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002685
名称SmilChr02G002685
描述probable metal-nicotianamine transporter YSL7
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向46492953 - 46495890 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011716
GeneID131011716
locus_tag-
NCBI NameLOC131011716
原始查询SmilChr02G002685

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable metal-nicotianamine transporter YSL7
产物probable metal-nicotianamine transporter YSL7
ArabidopsisAT1G65730 (YSL7)
YELLOW STRIPE like 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842884]
identity=65.9; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0524900 (OsYSL11)
-
identity=61.6; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0035673 (oligopeptide transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF03169 (OPT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011716

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057795501.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057795501.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057795501.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795501.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795501.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:46493007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr2:46493166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:46493303 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 42 A10,A14,A23,A9,B1,B10,B103,B105,B109,B110,B114,B118,B119,B123,B133,B134,B14,B3,B30,B31,B35,B57,B58,B85,B98,C1,C10,C16,C24,C3,C33,C36,C38,C39,C51,C53,C62,C64,C66,C77,C9,D1
Chr2:46493450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B63,B82,D3
Chr2:46493479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B63,B82,D3
Chr2:46493808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:46493959 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:46494015 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr2:46494025 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 12 A1,B101,B138,B20,B25,B44,B59,B64,B7,C13,C59,C6
Chr2:46494326 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 5 B50,B93,C18,C2,C86
Chr2:46494326 TG T 1bp_deletion CDS_variant 5 B50,B93,C18,C2,C86
Chr2:46494378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B69,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795501.1
720 aa
N
1
360
720
OPT
C
PF03169 OPT 57-692 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795501.1 Pfam PF03169 OPT Family 57 692 2.4e-151 506.2 OPT oligopeptide transporter protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939518.1
ATGGGCAATGCAAGTGAAATCAATGTGGTGGAGGATGAAAGCAGCATAGAATGTGGAAAACAAAAAAGCGAAGAAAACTTGAAAAAAGGAGAAGCAAAAGAATTGGAAGATGAAGAGTTATCTGTGGAGAGGATGTTCGAAAACAAGGAGGCGTCATCATGGAGGAAGCAGTTGAGTGTGAGAGCCTTTGCTGTAGGCTTTCTGCTGTCACTACTGTTCAGCTGCATAGTGATGAAACTCAACCTCACCACTGGAATCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011716
ATGGGCAATGCAAGTGAAATCAATGTGGTGGAGGATGAAAGCAGCATAGAATGTGGAAAACAAAAAAGCGAAGAAAACTTGAAAAAAGGAGAAGCAAAAGAATTGGAAGATGAAGAGTTATCTGTGGAGAGGATGTTCGAAAACAAGGAGGCGTCATCATGGAGGAAGCAGTTGAGTGTGAGAGCCTTTGCTGTAGGCTTTCTGCTGTCACTACTGTTCAGCTGCATAGTGATGAAACTCAACCTCACCACTGGAATCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795501.1
MGNASEINVVEDESSIECGKQKSEENLKKGEAKELEDEELSVERMFENKEASSWRKQLSVRAFAVGFLLSLLFSCIVMKLNLTTGIIPSLNISAALLGFFFVKIWTKLMAKFGMLTHPFTRQENTVIQTCVTASSGIAFSGGFGSYLLAMSERVAKQSEDSRDGLDYKNISLGWMIIFLAAVSFLGLFCVAPLSKVMIINFKLTYPSATATANLINSFHTPQGVKLAKKQVRELGKFFSYTFLWGFFQWFFQTEDDCGFS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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