Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002697

染色体: Chr02 坐标: 46749046-46749788 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002697
名称SmilChr02G002697
描述uncharacterized SmilChr02G002697
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向46749046 - 46749788 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009621
GeneID131009621
locus_tag-
NCBI NameLOC131009621
原始查询SmilChr02G002697

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ZCF37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842249]; symbol=ZCF37; hit=AT1G59590; species=arabidopsis; confidence=low
产物ZCF37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842249]; symbol=ZCF37; hit=AT1G59590; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G59590 (ZCF37)
ZCF37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842249]
identity=32.7; qcov=0.976; evalue=6e-21; confidence=low
RiceOs03g0432000
-
identity=25.8; qcov=1.03; evalue=2.61e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF27773 (At5g23160)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009621

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057793017.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057793017.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057793017.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057793017.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793017.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:46749109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:46749119 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B2,B29,C27
Chr2:46749141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:46749163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B20,C6,D11
Chr2:46749197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B114,B85,B9,B95
Chr2:46749199 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr2:46749206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B2,B29,C27
Chr2:46749226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,B70,C57
Chr2:46749243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr2:46749318 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B104,B2,B29,C27
Chr2:46749318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B2,B29,C27
Chr2:46749349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793017.1
207 aa
N
1
104
207
At5g23160
C
PF27773 At5g23160 119-159 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793017.1 Pfam PF27773 At5g23160 Domain 119 159 1.5e-11 44.1 At5g23160

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937034.1
ATGTTCATTTGCGAAAGTGGAAGTTTCAGCAATCAAGATGACAGTGATCATGAAGCCTATGTCAGCCCCTGCTCCACACCGAAGCGGTCGCGGCGGAGCACCAGCTTCTGCAATATCATGGAGAGAGAAAGCGGCAGCAAAAATCTGTACGCGGGTAGAGGCCTCGACAAATTCTACGCTCTCTTAGCATATCTCGATGATAAGAAGCAGGAGATCTACACCGCAGCTTCAAGAGCCCCGCCGACGGAGGCAAAGAGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009621
ATGTTCATTTGCGAAAGTGGAAGTTTCAGCAATCAAGATGACAGTGATCATGAAGCCTATGTCAGCCCCTGCTCCACACCGAAGCGGTCGCGGCGGAGCACCAGCTTCTGCAATATCATGGAGAGAGAAAGCGGCAGCAAAAATCTGTACGCGGGTAGAGGCCTCGACAAATTCTACGCTCTCTTAGCATATCTCGATGATAAGAAGCAGGAGATCTACACCGCAGCTTCAAGAGCCCCGCCGACGGAGGCAAAGAGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793017.1
MFICESGSFSNQDDSDHEAYVSPCSTPKRSRRSTSFCNIMERESGSKNLYAGRGLDKFYALLAYLDDKKQEIYTAASRAPPTEAKSEKTMKKKIATTPEMQEESFKLEDLKHPHFYFQVMVVLILLFLTIYGRFFAILCTSIGWYLAPTITGGSGATTVASERKPKRKKEYVRKKSEVVHSEDPSSPKSVINGLNRVHQQHDCKTSW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器