当前解析结果
SmilChr02G002697| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002697 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002697 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G002697 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 46749046 - 46749788 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009621 |
|---|---|
| GeneID | 131009621 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009621 |
| 原始查询 | SmilChr02G002697 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ZCF37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842249]; symbol=ZCF37; hit=AT1G59590; species=arabidopsis; confidence=low |
| 产物 | ZCF37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842249]; symbol=ZCF37; hit=AT1G59590; species=arabidopsis; confidence=low |
| Arabidopsis | AT1G59590 (ZCF37)ZCF37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842249] identity=32.7; qcov=0.976; evalue=6e-21; confidence=low |
| Rice | Os03g0432000- identity=25.8; qcov=1.03; evalue=2.61e-14; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF27773 (At5g23160) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009621 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057793017.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057793017.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057793017.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057793017.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793017.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:46749109 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr2:46749119 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B2,B29,C27 |
Chr2:46749141 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr2:46749163 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B20,C6,D11 |
Chr2:46749197 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A23,B114,B85,B9,B95 |
Chr2:46749199 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C2,C32,C68 |
Chr2:46749206 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B2,B29,C27 |
Chr2:46749226 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B42,B43,B70,C57 |
Chr2:46749243 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr2:46749318 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B104,B2,B29,C27 |
Chr2:46749318 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B2,B29,C27 |
Chr2:46749349 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793017.1PF27773
At5g23160 119-159 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793017.1 |
Pfam | PF27773 |
At5g23160 | Domain | 119 | 159 | 1.5e-11 | 44.1 | At5g23160 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。