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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002702

染色体: Chr02 坐标: 46859463-46862670 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002702
名称SmilChr02G002702
描述pathogen-related protein-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向46859463 - 46862670 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011738
GeneID131011738
locus_tag-
NCBI NameLOC131011738
原始查询SmilChr02G002702

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述pathogen-related protein-like
产物pathogen-related protein-like
ArabidopsisAT1G78780 (AT1G78780)
pathosis-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844214]
identity=45.8; qcov=1.03; evalue=8.3e-77; confidence=high
RiceOs01g0248300 (OSJNBa0049B20.17)
-
identity=52.3; qcov=1.03; evalue=1.54e-80; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011738

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057795541.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057795541.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795541.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795541.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795541.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:46859713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B84
Chr2:46860811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C27
Chr2:46860847 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B55
Chr2:46860847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr2:46860872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,C16,C49,D5
Chr2:46860938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C6
Chr2:46860974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:46860995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C68
Chr2:46861308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B84,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939558.1
TAATATAGTCTTGGAATATGAGATGGAAGCTACCACTACCACATAATAATAGTATATTATTCCTTGACCACCGTAATAAGGATCGGAAAATAAAATTTGAGCACGCAACCACAGCCACCTAACCTTAGCTGACATAATAATATATAGCTCATATATATCATAAAAAATTAAAAGAAAACATCTCATATCCAAATTTGGTCTGAAAATGGCATCTTCAAACACAGATGCAGAAAACTATCGATCCTTCATGAACGAAGACG...
XM_057939559.1
ATAAAATTTGAGCACGCAACCACAGCCACCTAACCTTAGCTGACATAATAATATATAGCTCATATATATCATAAAAAATTAAAAGAAAACATCTCATATCCAAATTTGGTCTGAAAATGGCATCTTCAAACACAGATGCAGAAAACTATCGATCCTTCATGAACGAAGACGATGTCAAGAACATAAACTGGAGGTATGGCTCTGCTCCCAACTACGATGTAGTTGACAAGCTCTTCCAAGAAGGCAGAACTAAGATATGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131011738
ATGGCATCTTCAAACACAGATGCAGAAAACTATCGATCCTTCATGAACGAAGACGATGTCAAGAACATAAACTGGAGGTATGGCTCTGCTCCCAACTACGATGTAGTTGACAAGCTCTTCCAAGAAGGCAGAACTAAGATATGGCCTCGTGGATCGCTGGAAGAGAAGGTGCAGACACTCGTTAAGACATGGGAGATGGAGTTGTTCCACAAAGTCGACAACCAAGACTTCAAAACAGTTGATGTTGACAACTACACATT...
LOC131011738
ATGGCATCTTCAAACACAGATGCAGAAAACTATCGATCCTTCATGAACGAAGACGATGTCAAGAACATAAACTGGAGGTATGGCTCTGCTCCCAACTACGATGTAGTTGACAAGCTCTTCCAAGAAGGCAGAACTAAGATATGGCCTCGTGGATCGCTGGAAGAGAAGGTGCAGACACTCGTTAAGACATGGGAGATGGAGTTGTTCCACAAAGTCGACAACCAAGACTTCAAAACAGTTGATGTTGACAACTACACATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057795541.1
MASSNTDAENYRSFMNEDDVKNINWRYGSAPNYDVVDKLFQEGRTKIWPRGSLEEKVQTLVKTWEMELFHKVDNQDFKTVDVDNYTFSLNGRKALSLEEKRKLGGGYISLLQTSLPEKFRCFDPAKETLDSAHRAFTTTFPRGFALEILEVFSGPPVIVYKFRHWGFMEGPFKGHPATGELVEFFGMAIFEVNENSKVVRVEFFYDRGELLGALVKGSNSDEVAAHVSSSCPVLRNTG
XP_057795542.1
MASSNTDAENYRSFMNEDDVKNINWRYGSAPNYDVVDKLFQEGRTKIWPRGSLEEKVQTLVKTWEMELFHKVDNQDFKTVDVDNYTFSLNEKRKLGGGYISLLQTSLPEKFRCFDPAKETLDSAHRAFTTTFPRGFALEILEVFSGPPVIVYKFRHWGFMEGPFKGHPATGELVEFFGMAIFEVNENSKVVRVEFFYDRGELLGALVKGSNSDEVAAHVSSSCPVLRNTG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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