当前解析结果
SmilChr02G002716| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002716 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002716 |
| 描述 | protein trichome berefringence-like 7 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 47008586 - 47011369 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011751 |
|---|---|
| GeneID | 131011751 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011751 |
| 原始查询 | SmilChr02G002716 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein trichome berefringence-like 7 |
| 产物 | protein trichome berefringence-like 7 |
| Arabidopsis | AT1G48880 (TBL7)TRICHOME BIREFRINGENCE-LIKE 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841310] identity=57.2; qcov=0.926; evalue=1.93e-166; confidence=high |
| Rice | Os05g0426300 (OsTBL27)- identity=56.5; qcov=0.916; evalue=1.23e-162; confidence=high |
| GO | GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016413 (O-acetyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13839 (PC-Esterase); PF14416 (PMR5N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011751 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057795569.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795569.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795569.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795569.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057795569.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:47009275 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B41,B77,D3 |
Chr2:47009521 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr2:47009659 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B36,B57,B82 |
Chr2:47010956 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C43,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795569.1PF14416
PMR5N 87-139 aa
PF13839
PC-Esterase 140-412 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795569.1 |
Pfam | PF14416 |
PMR5N | Domain | 87 | 139 | 1.9e-24 | 86.4 | PMR5 N terminal Domain |
XP_057795569.1 |
Pfam | PF13839 |
PC-Esterase | Family | 140 | 412 | 6e-83 | 279.8 | GDSL/SGNH-like Acyl-Esterase family found in Pmr5 and Cas1p |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。