Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002717`

染色体: Chr02 坐标: 47011191-47012495 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002717`
名称	SmilChr02G002717
描述	protein TRACHEARY ELEMENT DIFFERENTIATION-RELATED 7A-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	47011191 - 47012495 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009623`
GeneID	`131009623`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009623`
原始查询	`SmilChr02G002717`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein TRACHEARY ELEMENT DIFFERENTIATION-RELATED 7A-like
产物	protein TRACHEARY ELEMENT DIFFERENTIATION-RELATED 7A-like
Arabidopsis	`AT1G43790` (TED6) tracheary element differentiation-related 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840976] identity=49.5; qcov=0.505; evalue=6.75e-22; confidence=medium
Rice	`-` -
GO	GO:0009834 (plant-type secondary cell wall biogenesis)
KEGG	-
Pfam	PF29364 (TED6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009623

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057793020.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793020.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793020.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793020.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793020.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:47011864`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	105	A11,A14,A18,A20,A21,A22,A23,A3,A8,A9,B1,B10,B101,B103,B104,B105,B106,B107,B11,B112,B113,B117,B119,B121,B123,B125,B127,B13,B130,B131,B132,B134,B14,B140,B16,B24,B26,B28,B29,B3,B30,B31,B33,B37,B42,B46,B48,B5,B50,B59,B60,B62,B63,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B73,B8,B80,B82,B84,B85,B88,B89,B90,B98,C14,C15,C19,C2,C22,C26,C3,C32,C34,C37,C38,C45,C5,C51,C53,C55,C57,C60,C62,C68,C75,C79,C8,C80,C82,C85,C86,C87,C9,D1,D11,D2,D3,D4,D7
`Chr2:47011925`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B13,B65,C34,C86
`Chr2:47011935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr2:47011990`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr2:47012205`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B132,B16,B5,B69
`Chr2:47012206`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793020.1

184 aa

184

TED6

PF29364 TED6 80-122 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793020.1`	Pfam	`PF29364`	TED6	Domain	80	122	1.3e-17	64.1	TED6

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937037.1
ATGGAGAAACAGCTTTGCCCGTATTTGACCTCAGGTTATATATTGCAGATTGCCTTTTTCCTCCACCACCTCCTCACGTCGTTCCTCATTCCGCCACGGCCTCATGTCGTTCCTCCACCACCACCTCACGTCATTCCTCATCCGCCACGGCCTCATGTCGTTCCTCCACCACCTCCGTTCCACCCCATTGCGCCACCCCCTCATGTTCATCCACCACCGCCTCCGGACAATGCTCCTACTGTGGTCATAGTGATCTTCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009623
ATGGAGAAACAGCTTTGCCCGTATTTGACCTCAGGTTATATATTGCAGATTGCCTTTTTCCTCCACCACCTCCTCACGTCGTTCCTCATTCCGCCACGGCCTCATGTCGTTCCTCCACCACCACCTCACGTCATTCCTCATCCGCCACGGCCTCATGTCGTTCCTCCACCACCTCCGTTCCACCCCATTGCGCCACCCCCTCATGTTCATCCACCACCGCCTCCGGACAATGCTCCTACTGTGGTCATAGTGATCTTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793020.1
MEKQLCPYLTSGYILQIAFFLHHLLTSFLIPPRPHVVPPPPPHVIPHPPRPHVVPPPPPFHPIAPPPHVHPPPPPDNAPTVVIVIFVSFGCFFFAAFCCFALWCLIKNRKHKKMVNETDIIRTDEHLKVKEAIIQGPNGPELVVLSIEDDKHTQEEIIKNEKMEMKHLHANAKSGEIAATDHLP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器