当前解析结果
SmilChr02G002722| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002722 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002722 |
| 描述 | peroxidase 43-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 47056261 - 47057908 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011756 |
|---|---|
| GeneID | 131011756 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011756 |
| 原始查询 | SmilChr02G002722 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peroxidase 43-like |
| 产物 | peroxidase 43-like |
| Arabidopsis | AT4G25980 (AT4G25980)peroxidase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828704] identity=64; qcov=0.962; evalue=2.58e-143; confidence=high |
| Rice | Os11g0210100 (prx132)- identity=50.5; qcov=0.972; evalue=1.06e-103; confidence=high |
| GO | GO:0004601 (peroxidase activity); GO:0006979 (response to oxidative stress); GO:0020037 (heme binding); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process) |
| KEGG | smil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00141 (peroxidase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011756 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057795576.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057795576.1 |
| 3 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057795576.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795576.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795576.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:47056825 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B13,B98,C17,C85,D1 |
Chr2:47056826 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A16,B131,C30 |
Chr2:47057087 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C17 |
Chr2:47057423 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:47057523 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,C17,C85 |
Chr2:47057722 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C43,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795576.1PF00141
peroxidase 40-281 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795576.1 |
Pfam | PF00141 |
peroxidase | Domain | 40 | 281 | 5.6e-74 | 249.6 | Peroxidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。